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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oy1
タイトルX-Ray Structure Of ElbB From E. Coli. Northeast Structural Genomics Research Consortium (Nesg) Target Er105
要素PUTATIVE sigma cross-reacting protein 27A
キーワードUNKNOWN FUNCTION / STRUCTURAL GENOMICS / ER105 / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of isoprenoid metabolic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / isoprenoid biosynthetic process / lyase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glyoxalase ElbB / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Benach, J. / Edstrom, W. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-Ray Structure Of ElbB From E. Coli. Northeast Structural Genomics Research Consortium (Nesg) Target Er105
著者: Benach, J. / Edstrom, W. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F.
履歴
登録2003年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE sigma cross-reacting protein 27A
B: PUTATIVE sigma cross-reacting protein 27A
C: PUTATIVE sigma cross-reacting protein 27A
D: PUTATIVE sigma cross-reacting protein 27A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,1774
ポリマ－99,1774
非ポリマー00
水25214
1
A: PUTATIVE sigma cross-reacting protein 27A
B: PUTATIVE sigma cross-reacting protein 27A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5892
ポリマ－49,5892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area16200 Å2
手法PISA
2
C: PUTATIVE sigma cross-reacting protein 27A
D: PUTATIVE sigma cross-reacting protein 27A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5892
ポリマ－49,5892
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.108, 105.522, 165.102
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
PUTATIVE sigma cross-reacting protein 27A / SCRP-27A / PUTATIVE Enhancing lycopene biosynthesis protein 2


分子量: 24794.277 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: elbb / プラスミド: pET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ABU5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.93 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, 3.3 M SODIUM FORMATE, 12mM pyridoxal at 30C

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.97900, 0.78911, 0.9200
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月22日
放射モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.789111
30.921
反射解像度: 2.95→100 Å / Num. obs: 18121 / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.117
反射 シェル解像度: 2.95→3.01 Å / Rsym value: 0.25

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.95→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 1843 -
Rwork0.216 --
all-16282 -
obs-16282 97.6 %
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.39 Å
Luzzati d res low5 Å5 Å
Luzzati sigma a0.66 Å0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6470 0 0 14 6484
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007411
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3656
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.87534
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d0.9715
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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