[日本語] English
万見
- PDB-1ow5: NMR structure of the Saccharomyces cerevisiae SAM (Sterile Alpha ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ow5
タイトルNMR structure of the Saccharomyces cerevisiae SAM (Sterile Alpha Motif) domain
要素Serine/threonine-protein kinase STE11
キーワードTRANSFERASE / MAP kinase / MAPKKK / SAM domain / Pointed domain / SCM domain / Ste50 regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


cell integrity MAPK cascade / osmosensory signaling pathway via Sho1 osmosensor / signal transduction involved in filamentous growth / pheromone response MAPK cascade / SAM domain binding / pseudohyphal growth / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / invasive growth in response to glucose limitation / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / cellular hyperosmotic response ...cell integrity MAPK cascade / osmosensory signaling pathway via Sho1 osmosensor / signal transduction involved in filamentous growth / pheromone response MAPK cascade / SAM domain binding / pseudohyphal growth / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / invasive growth in response to glucose limitation / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / cellular hyperosmotic response / Oxidative Stress Induced Senescence / p38MAPK cascade / MAP kinase kinase kinase activity / JNK cascade / protein kinase activity / protein serine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ras-binding domain of Byr2 / Ras-binding domain of Byr2 / Ras-binding domain of Byr2 / Transcription Factor, Ets-1 / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / DNA polymerase; domain 1 ...Ras-binding domain of Byr2 / Ras-binding domain of Byr2 / Ras-binding domain of Byr2 / Transcription Factor, Ets-1 / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase STE11
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing from an extended starting structure
データ登録者Donaldson, L.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: The solution structure of the S.cerevisiae Ste11 MAPKKK SAM domain and its partnership with Ste50.
著者: Kwan, J.J. / Warner, N. / Pawson, T. / Donaldson, L.W.
履歴
登録2003年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase STE11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0451
ポリマ－10,0451
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 500structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1no violations > 0.5 a, lowest energy, good geometry

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase STE11 / Ste11 MAPKKK SAM domain


分子量: 10045.456 Da / 分子数: 1 / 断片: SAM domain (residues 36-113) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: Ste11p / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P23561, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11113C/15N simultaneous 3D NOESY
1212D NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 3D heteronuclear techniques. Assignments were derived from HNCACB, CBCACONH, CBHD, CBHE, HCCH-TOCSY, HCC-TOCSY and CCC-TOCSY experiments

-
試料調製

詳細内容: 0.8 mM Ste11 SAM domain, U-15N,13C
溶媒系: 20 mM sodium phosphate buffer, 500 mM sodium chloride, 0.03% sodium azide, 90% H2O, 10% D2O
試料状態イオン強度: 500 mM sodium chloride / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 293 K

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.1Delaglio解析
X-PLORNIHBrunger, Clore構造決定
NMRView5Johnsonデータ解析
X-PLORNIHBrunger, Clore精密化
精密化手法: simulated annealing from an extended starting structure
ソフトェア番号: 1
詳細: 971 NOE restraints from a simultaneous 13C/15N NOESY in 10% D2O, 69 NOE restraints from a 2D NOESY in 99% D2O, 48 hydrogen bonds restraints and 59 pairs of phi/psi dihedral restraints from ...詳細: 971 NOE restraints from a simultaneous 13C/15N NOESY in 10% D2O, 69 NOE restraints from a 2D NOESY in 99% D2O, 48 hydrogen bonds restraints and 59 pairs of phi/psi dihedral restraints from chemical shifts using the TALOS method
代表構造選択基準: no violations > 0.5 a, lowest energy, good geometry
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る