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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ovu | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF FOUR-HELIX BUNDLE MODEL di-Co(II)-DF1-L13A (form I) | ||||||
要素 | four-helix bundle model di-Co(II)-DF1-L13A (form I) | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / ALPHA-HELICAL BUNDLE / PROTEIN DESIGN | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulin FC, subunit C / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha / : 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / UNCONVENTIONAL METHOD USING THE GROUP-SUBGROUP RELATION / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Di Costanzo, L. / Geremia, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2005 タイトル: Response of a designed metalloprotein to changes in metal ion coordination, exogenous ligands, and active site volume determined by X-ray crystallography. 著者: Geremia, S. / Di Costanzo, L. / Randaccio, L. / Engel, D.E. / Lombardi, A. / Nastri, F. / DeGrado, W.F. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 タイトル: Phasing protein structures using the group-subgroup relation. 著者: Di Costanzo, L. / Forneris, F. / Geremia, S. / Randaccio, L. #2: ジャーナル: ANGEW.CHEM.INT.ED.ENGL. / 年: 2003 タイトル: Sliding Helix Induced Change of Coordination Geomet Model Di-Mn(II) Protein 著者: Degrado, W.F. / Di Costanzo, L. / Geremia, S. / Lombardi, A. / Pavone, V. / Randaccio, L. #3: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2001 タイトル: Toward the De Novo Design of a Catalytically Active Helix-Bundle: A Substrate Accessible Carboxylate-Br Dinuclear Metal Center 著者: Di Costanzo, L. / Wade, H. / Geremia, S. / Randaccio, L. / Pavone, V. / Degrado, W.F. / Lombardi, A. #4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000 タイトル: Retrostructural Analysis of Metalloproteins: Application to the Design of a Minimal Model for Diiron Proteins 著者: Lombardi, A. / Summa, C.M. / Geremia, S. / Randaccio, L. / Pavone, V. / Degrado, W.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ovu.cif.gz | 50.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ovu.ent.gz | 41.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ovu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/1ovu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/1ovu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: ASP / End label comp-ID: GLY / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 48 / Label seq-ID: 1 - 48
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5828.813 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THIS PROTEIN WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. #2: 化合物 | ChemComp-CO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.99 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: CO(CH3COO)2 30 mM, buffer tris 100 mM pH 7.5, peg 400 43%, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 7.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 / 波長: 1.2 Å | |||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年9月1日 / 詳細: MIRROR | |||||||||
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: 1.2 / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 3.1→43.2 Å / Num. obs: 4679 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.236 / Rsym value: 0.236 / Net I/σ(I): 5.9 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.515 / % possible all: 97.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: UNCONVENTIONAL METHOD USING THE GROUP-SUBGROUP RELATION 解像度: 3.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.843 / SU B: 28.119 / SU ML: 0.511 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.593
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.981 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 414 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→3.179 Å / Total num. of bins used: 20 /
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