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- PDB-1oqv: Structure of TcpA, the Type IV pilin subunit from the toxin co-re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oqv
タイトルStructure of TcpA, the Type IV pilin subunit from the toxin co-regulated pilus of Vibrio cholerae classical biotype
要素toxin-coregulated pilus subunit
キーワードCELL ADHESION / TcpA / Type IV pilin / pilin / pilus filament / Vibrio cholerae / fiber forming protein / adhesin / fimbriae
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular organelle / pilus / membrane
類似検索 - 分子機能
TcpA-like pilin / TcpA-like pilin / Toxin-coregulated pilus subunit TcpA / Toxin-coregulated pilus subunit TcpA / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Toxin coregulated pilin
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Craig, L. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003
タイトル: Type IV Pilin Structure and Assembly: X-Ray and EM Analyses of Vibrio cholerae Toxin-Coregulated Pilus and Pseudomonas aeruginosa PAK Pilin
著者: Craig, L. / Taylor, R.K. / Pique, M.E. / Adair, B.D. / Arvai, A.S. / Singh, M. / Lloyd, S.J. / Shin, D.S. / Getzoff, E.D. / Yeager, M. / Forest, K.T. / Tainer, J.A.
履歴
登録2003年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: toxin-coregulated pilus subunit
B: toxin-coregulated pilus subunit
C: toxin-coregulated pilus subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6596
ポリマ－59,3833
非ポリマー2763
水13,781765
1
A: toxin-coregulated pilus subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8862
ポリマ－19,7941
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: toxin-coregulated pilus subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9783
ポリマ－19,7941
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: toxin-coregulated pilus subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7941
ポリマ－19,7941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)157.317, 157.317, 35.719
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
詳細thousands of pilin subunits assemble to form a long thin filament 6 nm in diameter and several microns in length (see TCP model, PDB file XXX)

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要素

#1: タンパク質 toxin-coregulated pilus subunit


分子量: 19794.285 Da / 分子数: 3 / 断片: globular head domain, residues 29-199 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: tcpa / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami / 参照: UniProt: P23024
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 765 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 8000, imidazole, sodium chloride, glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115 mg/mlprotein1drop
230 %PEG80001reservoir
30.1 Mimidazole1reservoirpH8.0
40.2 M1reservoirpH8.0NaCl
56 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.975913 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月26日
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) bent monochoromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975913 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→30 Å / Num. all: 573481 / Num. obs: 115573 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.71 % / Biso Wilson estimate: 12.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.245 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 17071 / Rsym value: 0.245 / % possible all: 93.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 573481
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1.8 A structure of N-terminally truncated, SeMet-labelled TcpA

解像度: 1.3→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.174 6110 -random
Rwork0.116 ---
all0.117 115573 --
obs0.113 115573 5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3681 0 18 765 4464
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d2.1
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.3 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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