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- PDB-1oqp: STRUCTURE OF THE CA2+/C-TERMINAL DOMAIN OF CALTRACTIN IN COMPLEX ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oqp
タイトルSTRUCTURE OF THE CA2+/C-TERMINAL DOMAIN OF CALTRACTIN IN COMPLEX WITH THE CDC31P-BINDING DOMAIN FROM KAR1P
要素
  • Caltractin
  • Cell division control protein KAR1
キーワードPROTEIN BINDING / protein-peptide complex / caltractin / KAR1P / calcium-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


half bridge of spindle pole body / inner dynein arm / spindle pole body duplication / karyogamy involved in conjugation with cellular fusion / dynein heavy chain binding / microtubule / cell division / calcium ion binding / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Caltractin / Cell division control protein KAR1
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Hu, H.T. / Chazin, W.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Unique Features in the C-terminal Domain Provide Caltractin with Target Specificity
著者: Hu, H.T. / Chazin, W.J.
履歴
登録2003年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caltractin
B: Cell division control protein KAR1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4792
ポリマ－11,4792
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 60structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 Caltractin / Centrin / 20 kDa calcium-binding protein


分子量: 8977.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PlysS / 参照: UniProt: P05434
#2: タンパク質・ペプチド Cell division control protein KAR1


分子量: 2501.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide consists of the cdc31p-binding domain from Kar1p, residues 239-257, and has been chemically synthesized using solid phase F-Moc chemistry. The sequence is naturally found in ...詳細: The peptide consists of the cdc31p-binding domain from Kar1p, residues 239-257, and has been chemically synthesized using solid phase F-Moc chemistry. The sequence is naturally found in Saccharomyces cerevisiae (baker's yeast).
参照: UniProt: P11927

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY
1324D 13C-separated NOESY
1432D NOESY
1523D 13C-F1-edited, 13C-F3-filtered NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM CRC-C U-15N,13C; 1.2mM K19 unlabeled.5mM CaCl2, 25mM Tris, 50mM KCl, 90% H2O, 10% D2O
21mM CRC-C U-15N,13C; 1.2mM K19 unlabeled.5mM CaCl2, 25mM Tris, 50mM KCl, 100% D2O
31mM CRC-C unlabeled; 1.2 mM K19 unlabeled.5mM CaCl2, 25mM Tris, 50mM KCl, 90% H2O, 10% D2O
試料状態イオン強度: 50mM KCl, 5mM CaCl2 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
Felix2000Accelrys, San Diego, CA解析
Felix2000Accelrys, San Diego, CAデータ解析
DYANA1.5Guntert, P., Mumenthaler, C. & Wuthrich, K.構造決定
Amber7Pearlman, D.A., Case, D.A., Caldwell, J.W., Ross, W.S., Cheatham III, T.E., DeBolt, S., Ferguson, D., Seibel, G., Kollman, P.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 1827 constraints, 1641 are NOE-derived distance constraints, 134 dihedral angle constraints, 52 distance constraints from hydrogen bonds.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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