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- PDB-1opc: OMPR DNA-BINDING DOMAIN, ESCHERICHIA COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1opc
タイトルOMPR DNA-BINDING DOMAIN, ESCHERICHIA COLI
要素OMPR
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION / RESPONSE REGULATOR / WINGED HELIX / OSMOREGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / phosphorelay signal transduction system / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding dual transcriptional regulator OmpR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Martinez-Hackert, E. / Stock, A.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The DNA-binding domain of OmpR: crystal structures of a winged helix transcription factor.
著者: Martinez-Hackert, E. / Stock, A.M.
履歴
登録1996年12月16日処理サイト: BNL
改定 1.01997年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OMPR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5381
ポリマ－12,5381
非ポリマー00
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.140, 59.140, 58.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 OMPR / OMPRC


分子量: 12538.368 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DNA-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA16
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化pH: 6.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 3% POLYETHYLENEGLYCOL-MONOMETHYLETHER (PMME) 5000, 17.5% ETHYLENEGLYCOL, 2.5% MPD, 30 MM MES, PH 6.5; THEN SOAKED IN 10% PMME 5000, 20% ETHYLENEGLYCOL, 10% PEG ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 3% POLYETHYLENEGLYCOL-MONOMETHYLETHER (PMME) 5000, 17.5% ETHYLENEGLYCOL, 2.5% MPD, 30 MM MES, PH 6.5; THEN SOAKED IN 10% PMME 5000, 20% ETHYLENEGLYCOL, 10% PEG 200, 200 MM AMMONIUM SULFATE, 30 MM MES, PH 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120-25 mg/mlprotein1drop
22 mMbetaME1drop
33 %PMME50001reservoir
42.5 %MPD1reservoir
517.5 %ethyleneglycol1reservoir
630 mMMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9686 / 波長: 0.9686, 0.9876
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月1日 / 詳細: MONOCHROMATOR
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.96861
20.98761
反射解像度: 1.95→10 Å / Num. obs: 8604 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 16.78 Å2 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Rsym value: 0.086 / % possible all: 98.7
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.046
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.7 % / Rmerge(I) obs: 0.086

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解析

ソフトウェア
名称分類
MADSYS位相決定
PROLSQ精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: X-PLOR, PROLSQ AND REFMAC USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 388 5 %RANDOM
Rwork0.228 ---
all-8195 --
obs-7807 97.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.7 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数806 0 0 85 891
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0170.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0360.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0370.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.9332
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.6053
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.6962
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.9433
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0160.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1370.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1950.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2680.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1590.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor7.97
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor2015
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor22.620
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor31.615
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.228
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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