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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ooy | ||||||
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タイトル | SUCCINYL-COA:3-KETOACID COA TRANSFERASE FROM PIG HEART | ||||||
要素 | Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase, mitochondrial precursor | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / ALPHA/BETA PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Utilization of Ketone Bodies / 3-oxoacid CoA-transferase / cellular ketone body metabolic process / succinyl-CoA:3-oxo-acid CoA-transferase activity / ketone body catabolic process / Mitochondrial protein degradation / protein homodimerization activity / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Coros, A.M. / Swenson, L. / Wolodko, W.T. / Fraser, M.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 タイトル: Structure of the CoA transferase from pig heart to 1.7 A resolution. 著者: Coros, A.M. / Swenson, L. / Wolodko, W.T. / Fraser, M.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ooy.cif.gz | 214.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ooy.ent.gz | 169.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ooy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ooy_validation.pdf.gz | 448.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ooy_full_validation.pdf.gz | 467.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ooy_validation.xml.gz | 46.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ooy_validation.cif.gz | 70.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/1ooy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/1ooy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer, generated by the two-fold axis: -x, -y,z. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52293.957 Da / 分子数: 2 / 断片: succinyl-CoA:3-ketoacid CoA transferase monomer / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: OXCT OR SCOT / プラスミド: PT7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q29551, 3-oxoacid CoA-transferase #2: 化合物 | ChemComp-K / #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.72 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 2000, sodium/potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1998年7月10日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 111125 / Num. obs: 100807 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3.7 / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 20.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.216 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 73.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1M3E 解像度: 1.7→19.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.4975 Å2 / ksol: 0.359214 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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