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万見
- PDB-1ooc: Mutations in the T1.5 loop of pectate lyase A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ooc
タイトルMutations in the T1.5 loop of pectate lyase A
要素Pectate lyase A
キーワードLYASE / parallel beta helix
機能・相同性
機能・相同性情報


pectate lyase / pectate lyase activity / pectin catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pectate lyase / Pectin lyase family / Pectate lyase / Amb_all / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pectate lyase A / Pectate lyase A
類似検索 - 構成要素
生物種Erwinia chrysanthemi (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Dehdashti, S.J. / Doan, C.N. / Chao, K. / Vordtriede, P.B. / Yoder, M.D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Effect of mutations in the T1.5 loop of pectate lyase A from Erwinia chrysanthemi EC16.
著者: Dehdashti, S.J. / Doan, C.N. / Chao, K.L. / Yoder, M.D.
履歴
登録2003年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pectate lyase A
B: Pectate lyase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4792
ポリマ－77,4792
非ポリマー00
水00
1
A: Pectate lyase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7401
ポリマ－38,7401
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pectate lyase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7401
ポリマ－38,7401
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.758, 151.205, 50.897
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is a monomer that packs two molecules in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Pectate lyase A


分子量: 38739.535 Da / 分子数: 2 / 断片: T1.5 / 変異: N215S, T217S, S219G, A220S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Erwinia chrysanthemi (バクテリア)
属: Dickeya / 遺伝子: PELA / プラスミド: pMDY29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5-alpha
参照: UniProt: P29155, UniProt: P0C1A2*PLUS, pectate lyase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 5000 monomethyl ether (MME), 0.1M MES (2-[N-Morpholino]ethanesulfonic acid), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
117.6-20 %PEG5000 MME1reservoir
20.1 MMES1reservoirpH6.5
38.72 mg/mlprotein1drop
42.9-3.3 %PEG5000 MME1drop
50.02 MMES1droppH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 153 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年1月24日 / 詳細: Osmic mirrors
放射モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 14754 / Num. obs: 14754 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 47.22 Å2 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Mean I/σ(I) obs: 14.6 / Num. unique all: 1511 / Rsym value: 0.273 / % possible all: 81
反射
*PLUS
Num. measured all: 128721 / Rmerge(I) obs: 0.097
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81 % / Rmerge(I) obs: 0.273 / Mean I/σ(I) obs: 8.35

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1JTA with out residues 215-226

1jta


解像度: 2.94→29.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 743 5.1 %RANDOM
Rwork0.219 ---
all0.219 14701 --
obs0.219 14701 90.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.372263 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 17.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.55 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.94→29.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5458 0 0 0 5458
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.94→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 103 6.4 %
Rwork0.32 1511 -
obs-1511 58.7 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. reflection Rfree: 1511 / Rfactor Rfree: 0.2748 / Rfactor Rwork: 0.2195
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.57
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.665
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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