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万見
- PDB-1omd: STRUCTURE OF ONCOMODULIN REFINED AT 1.85 ANGSTROMS RESOLUTION. AN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1omd
タイトルSTRUCTURE OF ONCOMODULIN REFINED AT 1.85 ANGSTROMS RESOLUTION. AN EXAMPLE OF EXTENSIVE MOLECULAR AGGREGATION VIA CA2+
要素ONCOMODULIN
キーワードCALCIUM BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cuticular plate / stereocilium / supramolecular fiber / cochlea development / response to wounding / vesicle / calcium ion binding / protein-containing complex binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex ...cuticular plate / stereocilium / supramolecular fiber / cochlea development / response to wounding / vesicle / calcium ion binding / protein-containing complex binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Parvalbumin / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...Parvalbumin / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Ahmed, F.R. / Przybylska, M. / Rose, D.R. / Birnbaum, G.I. / Pippy, M.E. / Macmanus, J.P.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Structure of oncomodulin refined at 1.85 A resolution. An example of extensive molecular aggregation via Ca2+.
著者: Ahmed, F.R. / Przybylska, M. / Rose, D.R. / Birnbaum, G.I. / Pippy, M.E. / MacManus, J.P.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Data for Oncomodulin
著者: Przybylska, M. / Ahmed, F.R. / Birnbaum, G.I. / Rose, D.R.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1987
タイトル: A Complete Complementary DNA for the Oncodevelopmental Calcium-Binding Protein, Oncomodulin
著者: Gillen, M.F. / Banville, D. / Rutledge, R.G. / Narang, S. / Seligy, V.L. / Whitfield, J.F. / Macmanus, J.P.
#3: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1983
タイトル: The Complete Amino Acid Sequence of Oncomodulin-A Parvalbumin-Like Calcium-Binding Protein from Morris Hepatoma 5123Tc
著者: Macmanus, J.P. / Watson, D.C. / Yaguchi, M.
履歴
登録1990年4月19日処理サイト: BNL
改定 1.01991年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ONCOMODULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1874
ポリマ－12,0671
非ポリマー1203
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.590, 64.280, 33.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ONCOMODULIN


分子量: 12067.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P02631
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細CALCIUM 135 IS INTERMOLECULAR. IT IS BONDED DIRECTLY TO THREE DIFFERENT ONCOMODULIN MOLECULES AND ...CALCIUM 135 IS INTERMOLECULAR. IT IS BONDED DIRECTLY TO THREE DIFFERENT ONCOMODULIN MOLECULES AND INDIRECTLY (THROUGH TWO HYDROGEN BONDS) TO A FOURTH, TO FORM ZIGZAG SHEETS OF ONCOMODULIN NORMAL TO THE B AXIS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.45 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 5.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: took Przybylska et al., from original paper
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.4 %protein1drop
25 mMcacodylate1drop
310 mM1dropCaCl2
40.5 mMdithiothreitol1drop
511 %PEG60001drop
633 %(w/v)PEG60001reservoir
710 mMcacodylate1reservoir
81 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.85 Å / Num. obs: 5965 / Rmerge(I) obs: 3

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.85→6 Å /
Rfactor反射数
obs0.166 5770
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数840 0 3 87 930
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0280.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0450.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0440.04
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.32.8
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.25.6
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it12.312.6
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it14.312.6
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0180.025
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1790.125
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1880.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.3090.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2340.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.34
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor18.215
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor27.220
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.166
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d0.0440.04
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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