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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1omd | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF ONCOMODULIN REFINED AT 1.85 ANGSTROMS RESOLUTION. AN EXAMPLE OF EXTENSIVE MOLECULAR AGGREGATION VIA CA2+ | ||||||
要素 | ONCOMODULIN | ||||||
キーワード | CALCIUM BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cuticular plate / stereocilium / ion binding / supramolecular fiber / cochlea development / response to wounding / vesicle / calcium ion binding / protein-containing complex binding / protein homodimerization activity ...cuticular plate / stereocilium / ion binding / supramolecular fiber / cochlea development / response to wounding / vesicle / calcium ion binding / protein-containing complex binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Ahmed, F.R. / Przybylska, M. / Rose, D.R. / Birnbaum, G.I. / Pippy, M.E. / Macmanus, J.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990 タイトル: Structure of oncomodulin refined at 1.85 A resolution. An example of extensive molecular aggregation via Ca2+. 著者: Ahmed, F.R. / Przybylska, M. / Rose, D.R. / Birnbaum, G.I. / Pippy, M.E. / MacManus, J.P. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988 タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Data for Oncomodulin 著者: Przybylska, M. / Ahmed, F.R. / Birnbaum, G.I. / Rose, D.R. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1987 タイトル: A Complete Complementary DNA for the Oncodevelopmental Calcium-Binding Protein, Oncomodulin 著者: Gillen, M.F. / Banville, D. / Rutledge, R.G. / Narang, S. / Seligy, V.L. / Whitfield, J.F. / Macmanus, J.P. #3: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1983 タイトル: The Complete Amino Acid Sequence of Oncomodulin-A Parvalbumin-Like Calcium-Binding Protein from Morris Hepatoma 5123Tc 著者: Macmanus, J.P. / Watson, D.C. / Yaguchi, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1omd.cif.gz | 36.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1omd.ent.gz | 24.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1omd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1omd_validation.pdf.gz | 420.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1omd_full_validation.pdf.gz | 425.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1omd_validation.xml.gz | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1omd_validation.cif.gz | 10.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/1omd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/1omd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12067.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P02631 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | CALCIUM 135 IS INTERMOLECULAR. IT IS BONDED DIRECTLY TO THREE DIFFERENT ONCOMODULIN MOLECULES AND ...CALCIUM 135 IS INTERMOLEC | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 5.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: took Przybylska et al., from original paper | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.85 Å / Num. obs: 5965 / Rmerge(I) obs: 3 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.85→6 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.166 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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