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- PDB-1ofs: Pea lectin-sucrose complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ofs
タイトルPea lectin-sucrose complex
要素
  • PEA LECTIN ALPHA CHAIN
  • PEA LECTIN BETA CHAIN
キーワードLECTIN (レクチン) / PLANT LECTIN / CARBOHYDRATE BINDING PROTEIN / CALCIUM (カルシウム) / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


D-mannose binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
スクロース / : / レクチン
類似検索 - 構成要素
生物種PISUM SATIVUM (エンドウ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Shevtsov, M.B. / Tsygannik, I.N.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Pea Lectin-Sucrose Complex
著者: Shevtsov, M.B. / Tsygannik, I.N.
履歴
登録2003年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEA LECTIN ALPHA CHAIN
B: PEA LECTIN BETA CHAIN
C: PEA LECTIN ALPHA CHAIN
D: PEA LECTIN BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,74810
ポリマ－51,8734
非ポリマー8756
水6,413356
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)49.831, 60.803, 136.087
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2given(1), (1), (1)
詳細THE PEA LECTIN MOLECULE NORMALLY EXISTS AS A DIMER. THETWO MONOMERS ARE RELATED BY A PSUEDO TWOFOLD AXIS. EACHMONOMER CONSISTS OF TWO SEPARATE POLYPEPTIDE CHAINS, ALPHAAND BETA. THE ALPHA CHAIN CONSISTS OF 181 RESIDUES AND THEBETA CHAIN CONSISTS OF 52 RESIDUES. THE ALPHA AND BETACHAINS OF MONOMER 1 HAVE BEEN ASSIGNED CHAIN IDENTIFIERS*A* AND *B*, RESPECTIVELY, IN THIS ENTRY. THE ALPHA ANDBETA CHAINS OF MONOMER 2 HAVE BEEN ASSIGNED CHAINIDENTIFIERS *C* AND *D*, RESPECTIVELY, IN THIS ENTRY.THISNUMBERING SCHEME IS DIFFERENT FROM THAT IN THE EARLIERPUBLICATIONS.

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 6分子 ACBD

#1: タンパク質 PEA LECTIN ALPHA CHAIN


分子量: 20702.758 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 31-217 / 由来タイプ: 天然
詳細: SUCROSE LIGAND IS PRESENT IN TWO BINDING SITES OF PROTEIN MOLECULE
由来: (天然) PISUM SATIVUM (エンドウ) / 器官: SEEDS種子 / 参照: UniProt: P02867
#2: タンパク質・ペプチド PEA LECTIN BETA CHAIN


分子量: 5233.750 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 218-265 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PISUM SATIVUM (エンドウ) / 器官: SEEDS種子 / 参照: UniProt: P02867
#3: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose / スクロース


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 栄養素栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: スクロース
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 360分子

#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.47 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES PH 6.5, 12% (W/V) PEG 20K, 8% (V/V) ETOH, 40 MM SUCROSE; CRYOSOLUTION: 0.1 M MES PH 6.5, 17% PEG 20K, 60% (V/V) ETOH, 25 MM SUCROSE

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年7月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→15 Å / Num. obs: 38608 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.57 % / Biso Wilson estimate: 24.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.48 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Mean I/σ(I) obs: 5.53 / % possible all: 89.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LTN

1ltn


解像度: 1.8→14.86 Å / SU B: 2.56 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.13
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20657 1872 5 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs0.168 35393 95.19 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→14.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3574 0 50 356 3980

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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