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- PDB-1ocd: CYTOCHROME C (OXIDIZED) FROM EQUUS CABALLUS, NMR, MINIMIZED AVERA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ocd
タイトルCYTOCHROME C (OXIDIZED) FROM EQUUS CABALLUS, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素CYTOCHROME C
キーワードELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome complex / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / apoptotic signaling pathway / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding / lipid binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Qi, P.X. / Beckman, R.A. / Wand, A.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Solution structure of horse heart ferricytochrome c and detection of redox-related structural changes by high-resolution 1H NMR.
著者: Qi, P.X. / Beckman, R.A. / Wand, A.J.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994
タイトル: Structural Water in Oxidized and Reduced Horse Heart Cytochrome C
著者: Qi, P.X. / Urbauer, J.L. / Fuentes, E.J. / Leopold, M.F. / Wand, A.J.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Solution Structure of Horse Heart Ferrocytochrome C Determined by High-Resolution NMR and Restrained Simulated Annealing
著者: Qi, P.X. / Di Stefano, D.L. / Wand, A.J.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: Proton Resonance Assignments of Horse Ferricytochrome C
著者: Feng, Y. / Roder, H. / Englander, S.W. / Wand, A.J. / Di Stefano, D.L.
履歴
登録1996年7月3日処理サイト: BNL
改定 1.01997年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42018年3月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: citation / pdbx_nmr_ensemble ...citation / pdbx_nmr_ensemble / pdbx_nmr_exptl / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_representative / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria / _pdbx_nmr_spectrometer.field_strength / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3442
ポリマ－11,7261
非ポリマー6191
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1100 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area6350 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 64structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C


分子量: 11725.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OXIDIZED / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 器官: HEART / 参照: UniProt: P00004
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111COSY
121TOCSY
131NOESY
1423D NOESY-TOCSY
151DQF-COSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1[U-15N] 7-10 mM cytochrome c, 50 mM potassium phosphatesample_190% H2O/10% D2O
solution2[U-13C; U-15N] 15 mM cytochrome c, 50 mM potassium phosphatesample_290% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMcytochrome c[U-15N]7-101
50 mMpotassium phosphatenatural abundance1
15 mMcytochrome c[U-13C; U-15N]2
50 mMpotassium phosphatenatural abundance2
試料状態pH: 5.7 / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMBrukerAM6001
Bruker AMXBrukerAMX5002
Bruker AMBrukerAM3003

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software
名称開発者分類
X-PLORBRUNGER精密化
DSPACEHare Research構造決定
X-PLORBRUNGER構造決定
FelixBiosym Technologies Inc.データ解析
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 64 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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