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- PDB-1oc0: plasminogen activator inhibitor-1 complex with somatomedin B doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oc0
タイトルplasminogen activator inhibitor-1 complex with somatomedin B domain of vitronectin
要素
  • PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR-1
  • VITRONECTIN
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX / SERINE PROTEASE INHIBITOR-COMPLEX / SERPIN / PROTEINASE INHIBITOR / FIBRINOLYSIS / CELL MIGRATION / PLASMINOGEN ACTIVATION / HEPARIN-BINDING / CELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of leukotriene production involved in inflammatory response / dentinogenesis / negative regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / smooth muscle cell-matrix adhesion / rough endoplasmic reticulum lumen / negative regulation of smooth muscle cell migration / peptidase inhibitor complex / negative regulation of vascular wound healing / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / negative regulation of wound healing ...positive regulation of leukotriene production involved in inflammatory response / dentinogenesis / negative regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / smooth muscle cell-matrix adhesion / rough endoplasmic reticulum lumen / negative regulation of smooth muscle cell migration / peptidase inhibitor complex / negative regulation of vascular wound healing / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / negative regulation of wound healing / positive regulation of odontoblast differentiation / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / scavenger receptor activity / negative regulation of endopeptidase activity / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / negative regulation of blood coagulation / regulation of signaling receptor activity / extracellular matrix binding / positive regulation of monocyte chemotaxis / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Dissolution of Fibrin Clot / positive regulation of cell-substrate adhesion / Molecules associated with elastic fibres / extracellular matrix structural constituent / cell adhesion mediated by integrin / polysaccharide binding / Syndecan interactions / positive regulation of wound healing / positive regulation of smooth muscle cell migration / endodermal cell differentiation / oligodendrocyte differentiation / basement membrane / protein polymerization / replicative senescence / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cell adhesion / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / collagen binding / negative regulation of cell migration / extracellular matrix organization / cell-matrix adhesion / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / platelet alpha granule lumen / Regulation of Complement cascade / positive regulation of interleukin-8 production / liver regeneration / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / Golgi lumen / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / cell migration / integrin binding / positive regulation of protein binding / Platelet degranulation / heparin binding / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / collagen-containing extracellular matrix / defense response to Gram-negative bacterium / protease binding / blood microparticle / cell adhesion / immune response / intracellular membrane-bounded organelle / signaling receptor binding / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 ...Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Hemopexin-like domain / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vitronectin / Plasminogen activator inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Read, R.J. / Zhou, A. / Huntington, J.A. / Pannu, N.S. / Carrell, R.W.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: How Vitronectin Binds Pai-1 to Modulate Fibrinolysis and Cell Migration
著者: Zhou, A. / Huntington, J.A. / Pannu, N.S. / Carrell, R.W. / Read, R.J.
履歴
登録2003年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR-1
B: VITRONECTIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6072
ポリマ－48,6072
非ポリマー00
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)47.501, 90.087, 100.163
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR-1 / ENDOTHELIAL PLASMINOGEN ACTIVATOR INHIBITOR / PAI-1 / PAI


分子量: 42782.023 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: BLOOD / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05121
#2: タンパク質 VITRONECTIN / SERUM SPREADING FACTOR / S-PROTEIN / S75


分子量: 5824.493 Da / 分子数: 1 / Fragment: SOMATOMEDIN B, RESIDUES 20-70 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: OBTAINED BY CNBR CLEAVAGE OF FUSION PROTEIN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): AD494(DE3) / 参照: UniProt: P04004
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED MUTATION ASN 173 HIS, LYS 177 THR, GLN 342 LEU AND MET 377 ILE IN CHAIN A. MOL_ID 1: ...ENGINEERED MUTATION ASN 173 HIS, LYS 177 THR, GLN 342 LEU AND MET 377 ILE IN CHAIN A. MOL_ID 1: INHIBITOR FOR TISSUE PLASMINOGEN ACTIVATOR (TPA), PROTEIN C AND UROKINASE. RAPID INTERACTION WITH TPA COULD ACT AS A CONTROL POINT IN THE REGULATION OF FIBRINOLYSIS. HIGH CONCENTRATIONS IMPLICATED IN HUMAN THROMBOEMBOLIC DISEASE. MOL_ID 2: SOMATOMEDIN B IS A GROWTH HORMONE-DEPENDENT SERUM FACTOR THAT DISPLAYS PROTEASE-INHIBITING ACTIVITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化pH: 7.4
詳細: 10MM NAOAC, 50MM NACL, 2-9% PEG12000,25% PEG400, 50MM HEPES, PH 7.4
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
13 mg/mlprotein1drop
210 mMsodium acetate1drop
350 mM1dropNaCl
42-9 %(w/v)PEG120001reservoir
550 mMHEPES1reservoirpH7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0332
検出器タイプ: APS / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月15日 / 詳細: FOCUSING MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→45 Å / Num. obs: 20251 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 45.806 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.28→2.37 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.733 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 2.28 Å / 最低解像度: 45 Å / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.112
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.95 % / 冗長度: 7 % / Num. unique obs: 2204 / Rmerge(I) obs: 0.733

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BEAST位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1B3K

1b3k


解像度: 2.28→45 Å / SU B: 6.866 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.339 / ESU R Free: 0.242 / 詳細: TLS GROUPS USED FOR PAI-1 AND SOMATOMEDIN B
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 989 4.9 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.198 20251 99.95 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.01 Å20 Å20 Å2
2---0.76 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3187 0 0 137 3324
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.3
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.343 / Rfactor Rwork: 0.272

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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