PDB-1oaf: Ascobate peroxidase from soybean cytosol in complex with ascorbate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1oaf

タイトル

Ascobate peroxidase from soybean cytosol in complex with ascorbate

要素

ASCORBATE PEROXIDASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / HEME PEROXIDASE / PEROXIDE SCAVENGE / ASCORBATE PEROXIDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

L-ascorbate peroxidase / L-ascorbate peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

GLYCINE MAX (ダイズ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Sharp, K.H. / Raven, E.L. / Moody, P.C.E.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of the Ascorbate Peroxidase-Ascorbate Complex
著者: Sharp, K.H. / Mewies, M. / Moody, P.C.E. / Raven, E.L.

履歴

登録	2003年1月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp / pdbx_database_status ...chem_comp / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf ..._chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1oaf.cif.gz	131.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1oaf.ent.gz	101.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1oaf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/1oaf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/1oaf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1oagC 1apxS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5l86-1 2vnx-d 2xj6-d 2xih-d 2ghc-d 2ghd-d 7bi1-d 5n05-d 1gxy-1 1v0h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ASCORBATE PEROXIDASE

ヘテロ分子

29.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.328, 81.328, 74.884
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	ASCORBATE PEROXIDASE 分子量: 28361.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) GLYCINE MAX (ダイズ) / 解説: N-TERMINAL 6-HIS TAG / プラスミド: PAPX4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: Q43758, L-ascorbate peroxidase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 糖	ChemComp-ASC / ASCORBIC ACID / Vitamin C / (5R)-3,4-ジヒドロキシ-5β-[(S)-1,2-ジヒドロキシエチル]-2,5-ジヒドロフラン-2-オンタイプ: L-saccharide / 分子量: 176.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₆ / コメント: 薬剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 505 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 %

結晶化

pH: 8.3 / 詳細: 2.25M LI2SO4, 0.1M HEPES, PH8.3, pH 8.30

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	10 mg/ml	protein	1	drop
2	2.25 M	lithium sulfate	1	reservoir
3	0.1 M	HEPES	1	reservoir	pH8.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.94
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.94 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→54 Å / Num. obs: 49370 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 23.2
反射シェル	解像度: 1.4→1.44 Å / R_merge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 96.2
反射	PLUS 最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 57.74 Å / Num. measured all*: 339792
反射シェル	PLUS 最高解像度: 1.4 Å / % possible obs*: 96.2 %

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
REFMAC	精密化
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
MOLREP	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1APX

1apx

解像度: 1.4→57.74 Å / SU B: 0.886 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.065
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.RESIDUE 1 AND THE N-TERMINAL HIS-TAG ARE NOT VISIBLE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19625	2518	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16081	-	-	-
obs	0.16259	24727	99.05 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.671 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.24 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→57.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1911	0	56	505	2472

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.4 Å / R_factor R_free: 0.214 / R_factor R_work: 0.196

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg	1.5

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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