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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1o9g | ||||||
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タイトル | rRNA methyltransferase aviRa from Streptomyces viridochromogenes at 1.5A | ||||||
![]() | RRNA METHYLTRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / RRNA-METHYLTRANSFERASE / SE-MAD | ||||||
機能・相同性 | ![]() 23S rRNA (guanine2535-N1)-methyltransferase / rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase activity / rRNA methylation / methylation / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mosbacher, T.G. / Schulz, G.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the Avilamycin Resistance-Conferring Methyltransferase Avira from Streptomyces Viridochromogenes 著者: Mosbacher, T.G. / Bechthold, A. / Schulz, G.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 113.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 92.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 424.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 428.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26833.492 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PRSETB / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | ENGINEERED MUTATION ILE 11 MET, ARG 190 GLY AND LEU 239 MET. ALSO SEE REMARK 999 FOR MORE DETAILS ...ENGINEERED |
配列の詳細 | SEQUENCE IN DATABASE INCORRECT FROM RESIDUE 180 TO 195. THE SWISS-PROT ACCESSION Q9F5K5 HAS THE ...SEQUENCE IN DATABASE INCORRECT FROM RESIDUE 180 TO 195. THE SWISS-PROT ACCESSION Q9F5K5 HAS THE SEQUENCE SARTGKGRCP |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.9 / 詳細: PEG 20000 9%, MES 6.6, pH 6.90 | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 6.9 / PH range high: 6.6 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 日付: 2002年9月8日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9774 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→37.8 Å / Num. obs: 64711 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 38.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.52 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Rsym value: 0.2 / % possible all: 90 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 15 Å / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.3 % / Num. measured all: 289006 / Rmerge(I) obs: 0.039 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 90 % / 冗長度: 3.4 % / Num. unique obs: 1482 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 9.096 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→37.8 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. reflection obs: 33212 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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