PDB-1o8r: Solution structure of human proguanylin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1o8r

タイトル

Solution structure of human proguanylin

要素

GUANYLIN

キーワード

PROHORMONE / PROGUANYLIN / GUANYLIN / GAP-I / PRECURSOR / PROSEQUENCE

機能・相同性

機能・相同性情報

guanylate cyclase activator activity / Digestion / hormone activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Lauber, T. / Rosch, P. / Marx, U.C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Solution Structure of Human Proguanylin: The Role of a Hormone Prosequence
著者: Lauber, T. / Neudecker, P. / Roesch, P. / Marx, U.C.

履歴

登録	2002年11月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1o8r.cif.gz	830.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1o8r.ent.gz	703.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1o8r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1o8r_validation.pdf.gz	342.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1o8r_full_validation.pdf.gz	627.9 KB	表示
XML形式データ	1o8r_validation.xml.gz	94.7 KB	表示
CIF形式データ	1o8r_validation.cif.gz	122.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/1o8r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/1o8r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gna 1gnb
類似構造データ	1id2-1 3i4w-4 5iwh-d 5ez0-1 6hks-5 5dth-3 3ktf-3 6q0m-2 2p2t-d 2wt8-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GUANYLIN

10.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	30 / 120	LOWEST OVERALL ENERGY, LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質	GUANYLIN / GUANYLATE CYCLASE ACTIVATOR 分子量: 10351.790 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 22-115 / 由来タイプ: 組換発現詳細: DISULPHIDE BONDS BETWEEN CYS69 AND CYS82, CYS104 AND CYS112, CYS107 AND CYS115 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: INTESTINAL MUCOSA AND BLOOD / 解説: CLONED FROM CDNA / Cell: ENTERO-ENDOCRINE CELLS / プラスミド: PET32A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): AD494 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q02747
構成要素の詳細	ENDOGENOUS ACTIVATOR OF INTESTINAL GUANYLATE CYCLASE. STIMULATES THROUGH THE SAME RECEPTOR BINDING ...ENDOGENOUS ACTIVATOR OF INTESTINAL GUANYLATE CYCLASE. STIMULATES THROUGH THE SAME RECEPTOR BINDING REGION AS HEAT-STABLE ENTEROTOXINS.

#1: タンパク質

GUANYLIN / GUANYLATE CYCLASE ACTIVATOR

分子量: 10351.790 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 22-115 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: DISULPHIDE BONDS BETWEEN CYS69 AND CYS82, CYS104 AND CYS112, CYS107 AND CYS115
由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: INTESTINAL MUCOSA AND BLOOD / 解説: CLONED FROM CDNA / Cell: ENTERO-ENDOCRINE CELLS / プラスミド: PET32A / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): AD494 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q02747

構成要素の詳細

ENDOGENOUS ACTIVATOR OF INTESTINAL GUANYLATE CYCLASE. STIMULATES THROUGH THE SAME RECEPTOR BINDING ...

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 3D NMR EXPERIMENTS ON 15N- AND 13C/15N-LABELED PROGUANYLIN

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試料調製

結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	1
Bruker Avance	Bruker	Avance	800	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
X-PLOR3.851	BRUNGER	精密化
NMRVIEW5.0.4		構造決定
X-PLOR3851		構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST OVERALL ENERGY, LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 120 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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関連情報:EMDBヘッダ

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