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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1o7s | |||||||||
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タイトル | High resolution structure of Siglec-7 | |||||||||
![]() | SIALIC ACID BINDING IG-LIKE LECTIN 7 | |||||||||
![]() | CELL ADHESION / SIGLEC / IMMUNOGLOBULIN FOLD / SIALIC ACID BINDING PROTEIN / LECTIN / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | ![]() sialic acid binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / signaling receptor activity / carbohydrate binding / cell adhesion / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Alphey, M.S. / Attrill, H. / Crocker, P.R. / Van Aalten, D.M.F. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: High Resolution Structures of Siglec-7 - Insights Into Ligand Specificity in the Siglec Family 著者: Alphey, M.S. / Attrill, H. / Crocker, P.R. / Van Aalten, D.M.F. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 41.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14655.292 Da / 分子数: 1 / 断片: V-SET SIALIC ACID BINDING DOMAIN, RESIDUES 18-144 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9Y286 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CYS / |
#3: 糖 | ChemComp-NAG / |
#4: 糖 | ChemComp-NDG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.026 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.145 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 0.2 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE 0.1 M TRI-SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, 30 % PEG 8,000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年7月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.953758 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 14144 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.562 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 100 % / Num. measured all: 86594 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1QFO 解像度: 1.75→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.564 Å2 / ksol: 0.345425 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Rfactor Rfree: 0.249 / Rfactor Rwork: 0.223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |