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- PDB-1o7l: Molybdate-activated form of ModE from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o7l
タイトルMolybdate-activated form of ModE from Escherichia coli
要素TRANSCRIPTIONAL REGULATOR MODE
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION / DNA BINDING / MOLYBDATE / MOP / WINGED HELIX-TURN-HELIX / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / ACTIVATOR
機能・相同性
機能・相同性情報


ModE complex / negative regulation of DNA-templated transcription initiation / molybdate ion transport / molybdenum ion binding / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding ...ModE complex / negative regulation of DNA-templated transcription initiation / molybdate ion transport / molybdenum ion binding / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Molybdenum-binding protein ModE, N-terminal / Molybdate-dependent transcriptional regulator ModE / : / Molybdenum-pterin binding domain / Mop domain profile. / Transport-associated OB, type 1 / TOBE domain / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family ...Molybdenum-binding protein ModE, N-terminal / Molybdate-dependent transcriptional regulator ModE / : / Molybdenum-pterin binding domain / Mop domain profile. / Transport-associated OB, type 1 / TOBE domain / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MOLYBDATE ION / DNA-binding transcriptional dual regulator ModE / Transcriptional regulator ModE
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Schuttelkopf, A.W. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of Activated Mode Reveals Conformational Changes Involving Both Oxyanion and DNA-Binding Domains
著者: Schuttelkopf, A.W. / Boxer, D.H. / Hunter, W.N.
履歴
登録2002年11月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR MODE
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR MODE
C: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR MODE
D: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR MODE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,10811
ポリマ－113,2334
非ポリマー8757
水48627
1
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR MODE
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR MODE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9725
ポリマ－56,6162
非ポリマー3553
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR MODE
D: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR MODE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1366
ポリマ－56,6162
非ポリマー5204
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.831, 78.831, 195.099
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999143, 0.005943, -0.040958), (-0.005649, -0.999957, -0.007293), (-0.041, -0.007055, 0.999134)56.754, 61.667, 1.017
2given(-0.999359, -0.004053, -0.035567), (0.004768, -0.999788, -0.020032), (-0.035478, -0.020189, 0.999166)56.744, 61.655, 1.486
詳細BIOMOLECULE 1:BIOMOLECULE 2:

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要素

#1: タンパク質
TRANSCRIPTIONAL REGULATOR MODE / MODE / MODR


分子量: 28308.146 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PLAA6 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P46930, UniProt: P0A9G8*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-MOO / MOLYBDATE ION / MOLYBDATE


分子量: 159.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: MoO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細MODE-MO COMPLEX ACTS AS A REPRESSOR OF THE MODABCD OPERON THAT IS INVOLVED IN THE TRANSPORT OF ...MODE-MO COMPLEX ACTS AS A REPRESSOR OF THE MODABCD OPERON THAT IS INVOLVED IN THE TRANSPORT OF MOLYBDATE. BINDING OF MOLYBDENUM CAUSES CHANGE IN THE CONFORMATION OF MODE, WHICH IN TURN INCREASES MODE AFFINITY TO A DNA REGION UPSTREAM OF THE MODABCD OPERON. MODE IS ALSO AN ENHANCER OF GENES CODING FOR MOLYBDOENZYMES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
解説: THE DATA IS PARTIALLY MEROHEDRALLY TWINNED WITH A TWIN FRACTION OF APPROXIMATELY 0.33 AND A TWIN LAW OF H, -K, -L.
結晶化pH: 7.5
詳細: 27% PEG1000, 70MM CACL2, 1.5% 1,2,3-HEPTANETRIOL, 70MM HEPES PH 7.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
170 mMsodium HEPES1reservoirpH7.5
227 %(w/v)PEG10001reservoir
370 mM1reservoirCaCl2
41.5 %heptanetriol1drop
52.2 mM1dropNa2MoO4
63.9 mg/mlprotein1drop
70.140 mMDNA oligonucleotide1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年11月15日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→25 Å / Num. obs: 29920 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 65.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.75→2.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.377 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
Num. obs: 2992 / Num. measured all: 124769
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H9R

1h9r


解像度: 2.75→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 1005 3.4 %THIN RESOLUTION SHELLS
Rwork0.207 ---
obs0.207 29319 95.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.1093 Å2 / ksol: 0.264797 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.2 Å20 Å20 Å2
2---7.2 Å20 Å2
3---14.39 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7798 0 27 27 7852
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.311.7
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.262.3
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.872.3
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.922.9
Refine LS restraints NCSRms dev position: 1.38 Å / Weight position: 0
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 134 4.5 %
Rwork0.319 2961 -
obs--99.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4MOO4.PARAMMOO4.TOP
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.255 / Rfactor Rwork: 0.206
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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