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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1o7c | ||||||
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タイトル | Solution structure of the human TSG-6 Link module in the presence of a hyaluronan octasaccharide | ||||||
![]() | TUMOR NECROSIS FACTOR-INDUCIBLE PROTEIN TSG-6 | ||||||
![]() | CELL ADHESION / HYALURONAN-BINDING DOMAIN / CARBOHYDRATE-BINDING DOMAIN / LINK MODULE / GLYCOPROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() fibronectin fibril organization / hyaluronan metabolic process / ovarian cumulus expansion / hyaluronic acid binding / carboxylesterase activity / negative regulation of neutrophil chemotaxis / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / negative regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of osteoclast differentiation ...fibronectin fibril organization / hyaluronan metabolic process / ovarian cumulus expansion / hyaluronic acid binding / carboxylesterase activity / negative regulation of neutrophil chemotaxis / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / negative regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of osteoclast differentiation / fibronectin binding / positive regulation of receptor clustering / negative regulation of inflammatory response / tertiary granule lumen / cell-cell signaling / ficolin-1-rich granule lumen / cell adhesion / positive regulation of cell migration / inflammatory response / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / signal transduction / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / AB INITIO SIMULATED ANNEALING | ||||||
![]() | Blundell, C.D. / Teriete, P. / Kahmann, J.D. / Pickford, A.R. / Campbell, I.D. / Day, A.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The link module from ovulation- and inflammation-associated protein TSG-6 changes conformation on hyaluronan binding. 著者: Blundell, C.D. / Mahoney, D.J. / Almond, A. / DeAngelis, P.L. / Kahmann, J.D. / Teriete, P. / Pickford, A.R. / Campbell, I.D. / Day, A.J. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: The Link Module from Human Tsg-6 Inhibits Neutrophil Migration in a Hyaluronan- and Inter-Alpha -Inhibitor-Independent Manner 著者: Getting, S.J. / Mahoney, D.J. / Cao, T. / Rugg, M.S. / Fries, E. / Milner, C.M. / Perretti, M. / Day, A.J. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Hyaluronan Binding Properties of a Cd44 Chimera Containing the Link Module of Tsg-6 著者: Lesley, J. / English, N.M. / Gal, I. / Mikecz, K. / Day, A.J. / Hyman, R. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Mapping the Hyaluronan-Binding Site on the Link Module from Human Tumor Necrosis Factor-Stimulated Gene-6 by Site-Directed Mutagenesis 著者: Mahoney, D.J. / Blundell, C.D. / Day, A.J. #4: ジャーナル: Glycobiology / 年: 2001 タイトル: Novel Methods for the Preparation and Characterization of Hyaluronan Oligosaccharides of Defined Length 著者: Mahoney, D.J. / Aplin, R.T. / Calabro, A. / Hascall, V.C. / Day, A.J. #5: ジャーナル: Structure / 年: 2000 タイトル: Localization and Characterization of the Hyaluronan-Binding Site on the Link Module from Human Tsg-6 著者: Kahmann, J.D. / O'Brien, R. / Werner, J.M. / Heinegard, D. / Ladbury, J.E. / Campbell, I.D. / Day, A.J. #6: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 1997 タイトル: Method for Quantitative Refolding of the Link Module from Human Tsg-6 著者: Kahmann, J.D. / Koruth, R. / Day, A.J. #7: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 1996 タイトル: Overexpression, Purification, and Refolding of Link Module from Human Tsg-6 in Escherichia Coli: Effect of Temperature, Media, and Mutagenesis on Lysine Misincorporation at Arginine Aga Codons 著者: Day, A.J. / Aplin, R.T. / Willis, A.C. #8: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996 タイトル: Solution Structure of the Link Module: A Hyaluronan-Binding Domain Involved in Extracellular Matrix Stability and Cell Migration 著者: Kohda, D. / Morton, C.J. / Parkar, A.A. / Hatanaka, H. / Inagaki, F.M. / Campbell, I.D. / Day, A.J. #9: ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 1992 タイトル: A Novel Secretory Tumour Necrosis Factor-Inducible Protein (Tsg-6) is a Member of the Family of Hyaluronate Binding Proteins, Closely Related to the Adhesion Receptor Cd44 著者: Lee, T.H. / Wisniewski, H.G. / Vilcek, J. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 592.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 515.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10946.578 Da / 分子数: 1 / 断片: LINK_MODULE, RESIDUES 36-133 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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構成要素の詳細 | POSSIBLE ROLE IN CELL-MATRIX INTERACTIO |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: STRUCTURE DETERMINED BY NMR SPECTROSCOPY ON UNIFORMLY 15N- AND 13C,15N-LABELLED LINK_TSG6 |
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試料調製
詳細 | 内容: 10% D2O, 1-3MM (1:1 LINK_TSG6:OCTASACCHARIDE) |
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試料状態 | イオン強度: ~2MM NA IONS / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: AB INITIO SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1 詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION 計算したコンフォーマーの数: 250 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |