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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1o5q | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Pyruvate and Mg2+ bound 2-methylisocitrate lyase (PrpB) from Salmonella typhimurium | |||||||||
要素 | Probable methylisocitrate lyase | |||||||||
キーワード | LYASE / PRPB / methylisocitrate / methylcitrate cycle / Propionate metabolism / Helix swapping | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methylisocitrate lyase / propionate catabolic process, 2-methylcitrate cycle / methylisocitrate lyase activity / molecular function activator activity / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Simanshu, D.K. / Murthy, M.R.N. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2003 タイトル: Crystal structure of Salmonella typhimurium 2-methylisocitrate lyase (PrpB) and its complex with pyruvate and Mg(2+) 著者: Simanshu, D.K. / Satheshkumar, P.S. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1o5q.cif.gz | 226.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1o5q.ent.gz | 180.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1o5q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1o5q_validation.pdf.gz | 478.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1o5q_full_validation.pdf.gz | 502.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1o5q_validation.xml.gz | 47.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1o5q_validation.cif.gz | 66.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/1o5q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/1o5q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Asymmetric unit contains a tetramer, the active oligomeric state. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33264.824 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 生物種: Salmonella enterica / 株: IFO 12529 / 遺伝子: prpB / プラスミド: PET-BLUE VECTOR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q56062, methylisocitrate lyase #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-PYR / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.05 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 2M Sodium Chloride, 10% PEG 6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年5月22日 / 詳細: OSMIC MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→100 Å / Num. all: 57620 / Num. obs: 53974 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 31.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 17 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.288 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 5623 / Rsym value: 0.289 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1UJQ 解像度: 2.3→19.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 503437.83 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.9888 Å2 / ksol: 0.349817 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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