PDB-1o50: Crystal structure of a cbs domain-containing protein (tm0935) fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1o50

タイトル

Crystal structure of a cbs domain-containing protein (tm0935) from thermotoga maritima at 1.87 A resolution

要素

CBS domain-containing predicted protein TM0935

キーワード

TRANSFERASE / Cbs-domain pair fold / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI

機能・相同性

CBS-domain / CBS-domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Roll / Alpha Beta / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of a tandem cystathionine-beta-synthase (CBS) domain protein (TM0935) from Thermotoga maritima at 1.87 A resolution
著者: Miller, M.D. / Schwarzenbacher, R. / von Delft, F. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Biorac, T. / Brinen, L.S. / Canaves, J.M. / Cambell, J. / Chiu, H.J. / Dai, X. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / ...

履歴

登録	2003年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2018年7月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.5	2023年1月25日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.6	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1o50.cif.gz	47.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1o50.ent.gz	33.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1o50.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1o50_validation.pdf.gz	398 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1o50_full_validation.pdf.gz	398.3 KB	表示
XML形式データ	1o50_validation.xml.gz	4.7 KB	表示
CIF形式データ	1o50_validation.cif.gz	7.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/1o50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/1o50	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ala-1 3nqr-2 2nyc-1 4n4z-d 3cmn-d 5g6t-2 2p9m-1 4o9k-d 5f35-d 6f48-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 282804

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4)

登録構造単位

A: CBS domain-containing predicted protein TM0935

18 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CBS domain-containing predicted protein TM0935

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.169, 45.169, 177.196
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	CBS domain-containing predicted protein TM0935 分子量: 18040.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: TM0935 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X033
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.4	48.27
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
277	1	蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop	6	crystal 1: 20% PEG-6000, 0.1M MES pH 6.0, 1M LiCl, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K
277	2	蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop	6.6	crystal 2: 0.2M ammonium formate, 20% PEG-3350, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

結晶化

*PLUS

pH: 7.9 / 手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	0.2 M	ammonium formate	1	reservoir
2	20 %	PEG3350	1	reservoir	pH6.6
3	20 mM	Tris	1	drop	pH7.9
4	150 mM		1	drop		NaCl
5	0.25 mM	TCEP	1	drop
6	24 mg/ml	protein	1	drop

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL9-1	1	0.97001
シンクロトロン	SSRL	BL11-1	2		0.97932, 0.90497

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2001年6月3日	flat mirror
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2002年12月12日	flat mirror

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	single crystal Si(311) bent monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	single crystal Si(311) bent monochromator	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97001	1
2	0.97932	1
3	0.90497	1

反射

解像度: 1.83→31.63 Å / Num. all: 16963 / Num. obs: 16963 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 32.45 Å² / R_sym value: 0.072 / Net I/σ(I): 10.5

反射シェル

解像度: 1.83→1.88 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 1130 / R_sym value: 0.62 / % possible all: 90.6

反射

*PLUS

最高解像度: 1.83 Å / Num. measured all: 54281 / R_merge(I) obs: 0.072

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 90.6 % / R_merge(I) obs: 0.622

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	4.2)	データスケーリング
SOLVE		位相決定
RESOLVE		モデル構築
REFMAC		精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.87→31.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 8.887 / SU ML: 0.132 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. ADDITIONAL N-TERMINAL HIS-TAG RESIDUES INDICATED BY CONTINUOUS BUT UNINTERPRETABLE DENSITY, AND WAS MODELED BY WATERS. 2. PROMINENT DENSITY AT MISSING RESIDUE A70 WAS MODELED AS WATER ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25495	813	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19113	-	-	-
obs	0.19435	15161	99.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.331 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.17 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.87→31.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1124	0	0	214	1338

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1108
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.549	1.984	1558
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.882	3	2592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.331	5	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.217	25.625	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.825	15	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.069	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	186
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	192
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	235
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.233	0.2	1271
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	658
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.222	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.106	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.253	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.115	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.799	1.5	708
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.372	2	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.123	3	445
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.409	4.5	395

LS精密化シェル

解像度: 1.87→1.919 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	65	5.73 %
R_work	0.339	1069	-

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 19.361 Å / Origin y: 6.083 Å / Origin z: 90.821 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.2129 Å²	-0.0294 Å²	0.0304 Å²	-	-0.2602 Å²	0.0058 Å²	-	-	-0.0525 Å²
L	0.6858 °²	-0.3753 °²	-0.0639 °²	-	0.9229 °²	-0.3208 °²	-	-	5.5461 °²
S	-0.057 Å °	0.0749 Å °	-0.0466 Å °	0.0069 Å °	-0.0597 Å °	-0.0489 Å °	0.5621 Å °	0.4261 Å °	0.1167 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

ソフトウェア

*PLUS

名称: REFMAC / バージョン: 5.1.9999 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

Num. reflection obs: 15974 / R_factor R_free: 0.255 / R_factor R_work: 0.191

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.018
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg	1.55
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTION	p_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scangle_it

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関連情報:EMDBヘッダ

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