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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1o4z | ||||||
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タイトル | THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF BETA-AGARASE B FROM ZOBELLIA GALACTANIVORANS | ||||||
![]() | beta-agarase B | ||||||
![]() | HYDROLASE / BETA-AGARASE / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 16 / AGAROSE DEGRADATION / CLEAVAGE OF BETA-1 / 4-D-GALACTOSE LINKAGES | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta-agarase / beta-agarase activity / cell outer membrane / carbohydrate metabolic process / protein homodimerization activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Allouch, J. / Jam, M. / Helbert, W. / Barbeyron, T. / Kloareg, B. / Henrissat, B. / Czjzek, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Three-dimensional Structures of Two {beta}-Agarases. 著者: Allouch, J. / Jam, M. / Helbert, W. / Barbeyron, T. / Kloareg, B. / Henrissat, B. / Czjzek, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 272.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 216 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 483 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 505.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 55.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 79.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40056.523 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSIJ / 遺伝子: agaB / プラスミド: PET20B / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 化合物 | ChemComp-EPE / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 58% methyl-pentane-diol 20 mM calcium chloride 100 mM Hepes , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20.5 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→95.35 Å / Num. all: 61473 / Num. obs: 61473 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 5.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.339 / % possible all: 99.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 24.8 Å / Num. obs: 64783 / Num. measured all: 428617 / Rmerge(I) obs: 0.106 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.339 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: BETA-AGARASE A 解像度: 2.3→25 Å / SU B: 5.974 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.292 / ESU R Free: 0.218
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.944 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→25 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 24.8 Å / Rfactor Rfree: 0.224 / Rfactor Rwork: 0.199 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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