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- PDB-1o4y: THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF BETA-AGARASE A FROM ZOBELLIA G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o4y
タイトルTHE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF BETA-AGARASE A FROM ZOBELLIA GALACTANIVORANS
要素beta-agarase A
キーワードHYDROLASE / BETA-AGARASE / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 16 / AGAROSE DEGRADATION / CLEAVAGE OF BETA-1 / 4-D-GALACTOSE LINKAGES
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-agarase / beta-agarase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Beta-agarase/YXIM esterase-like, galactose-binding domain-like / Beta-agarase / Secretion system C-terminal sorting domain / Secretion system C-terminal sorting domain / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Galactose-binding-like domain superfamily ...: / Beta-agarase/YXIM esterase-like, galactose-binding domain-like / Beta-agarase / Secretion system C-terminal sorting domain / Secretion system C-terminal sorting domain / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-agarase A / Beta-agarase A
類似検索 - 構成要素
生物種Zobellia galactanivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Allouch, J. / Jam, M. / Helbert, W. / Barbeyron, T. / Kloareg, B. / Henrissat, B. / Czjzek, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The Three-dimensional Structures of Two {beta}-Agarases.
著者: Allouch, J. / Jam, M. / Helbert, W. / Barbeyron, T. / Kloareg, B. / Henrissat, B. / Czjzek, M.
履歴
登録2003年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999sequence the author maintains that the sequence in the sequence database is incorrect

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-agarase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0156
ポリマ－32,6641
非ポリマー3515
水6,395355
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.314, 57.487, 89.054
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 beta-agarase A


分子量: 32663.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zobellia galactanivorans (バクテリア)
株: DSIJ / プラスミド: PET20B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RGX9, UniProt: G0L322*PLUS, beta-agarase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 28% PEG 8000, 200 mM Ammonium sulphate, 100 mM Sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
温度: 20.5 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
12.5 mg/mlprotein1drop
250 %(w/v)Tris1droppH7.5
325 mM1dropNaCl
428 %PEG80001reservoir
5200 mMammonium sulfate1reservoir
6100 mMsodium acetate1reservoirpH4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.38482, 1.38561
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月3日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.384821
21.385611
反射解像度: 1.48→34 Å / Num. all: 43809 / Num. obs: 43809 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 15.6
反射
*PLUS
最低解像度: 14.8 Å / Num. obs: 42255 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.9 % / Num. measured all: 454198 / Rmerge(I) obs: 0.083
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.374 / Mean I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.48→34 Å / SU B: 1.041 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.066
Rfactor反射数%反射
Rfree0.176 2191 5 %
Rwork0.148 --
obs0.149 41392 99.49 %
原子変位パラメータBiso mean: 10.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20 Å20 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2203 0 22 355 2580
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.604
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord0.25
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
LS精密化 シェル解像度: 1.48→1.518 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.237 147
Rwork0.204 3011
精密化
*PLUS
最低解像度: 14.8 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.149
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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