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- PDB-1o1z: Crystal structure of glycerophosphodiester phosphodiesterase (GDP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o1z
タイトルCrystal structure of glycerophosphodiester phosphodiesterase (GDPD) (TM1621) from Thermotoga maritima at 1.60 A resolution
要素glycerophosphodiester phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE / TM1621 / GLYCEROPHOSPHODIESTER PHOSPHODIESTERASE (GDPD) / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoric diester hydrolase activity / lipid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycerophosphodiester phosphodiesterase domain / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family / GP-PDE domain profile. / Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GP-PDE domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of a glycerophosphodiester phosphodiesterase (GDPD) from Thermotoga maritima (TM1621) at 1.60 A resolution.
著者: Santelli, E. / Schwarzenbacher, R. / McMullan, D. / Biorac, T. / Brinen, L.S. / Canaves, J.M. / Cambell, J. / Dai, X. / Deacon, A.M. / Elsliger, M.A. / Eshagi, S. / Floyd, R. / Godzik, A. / ...著者: Santelli, E. / Schwarzenbacher, R. / McMullan, D. / Biorac, T. / Brinen, L.S. / Canaves, J.M. / Cambell, J. / Dai, X. / Deacon, A.M. / Elsliger, M.A. / Eshagi, S. / Floyd, R. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Jaroszewski, L. / Karlak, C. / Klock, H.E. / Koesema, E. / Kovarik, J.S. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / Lesley, S.A. / McPhillips, T.M. / Miller, M.D. / Morse, A. / Moy, K. / Ouyang, J. / Page, R. / Quijano, K. / Rezezadeh, F. / Robb, A. / Stevens, R.C. / van den Bedem, H. / Velasquez, J. / Vincent, J. / von Delft, F. / Wang, X. / West, B. / Wolf, G. / Xu, Q. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Wilson, I.A.
履歴
登録2003年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.52023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glycerophosphodiester phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1932
ポリマ－27,1701
非ポリマー231
水7,602422
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)132.410, 41.790, 51.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 glycerophosphodiester phosphodiesterase / GDPD


分子量: 27170.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM1621 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9X1V6, glycerophosphodiester phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.16 %
結晶化温度: 277 K / pH: 9.6
詳細: 40% (v/v) PEG-600, 0.1M CHES pH 9.5, pH 9.6, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K, pH 9.60
結晶化
*PLUS
pH: 9.6 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMTris1droppH7.9
2150 mM1dropNaCl
30.25 mMTCEP1drop
420 mg/mlprotein1drop
540 %PEG6001reservoir
60.1 MCHES1reservoirpH9.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.98011, 0.97938, 0.97918, 0.95671
検出器タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月26日
詳細: water cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.980111
20.979381
30.979181
40.956711
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 38012 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.71 % / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 62.01
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.51 % / Mean I/σ(I) obs: 10.06 / Rsym value: 0.196 / % possible all: 95.3
反射
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 50 Å / Observed criterion σ(F): 0 / Num. measured all: 255060 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.3 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Mean I/σ(I) obs: 3.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVEモデル構築
SOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.1.955精密化
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→48.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.507 / SU ML: 0.041 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: WEAK CONTINUOUS DIFFERENCE DENSITY AT THE N-TERMINUS WAS MODELLED AS HIS-TAG RESIDUES, BUT AT HALF OCCUPANCY.THE CONTINUED PRESENCE OF SPURIOUS DIFFERENCE DENSITY IMPLIES THAT THIS STILL IS ...詳細: WEAK CONTINUOUS DIFFERENCE DENSITY AT THE N-TERMINUS WAS MODELLED AS HIS-TAG RESIDUES, BUT AT HALF OCCUPANCY.THE CONTINUED PRESENCE OF SPURIOUS DIFFERENCE DENSITY IMPLIES THAT THIS STILL IS AN INCOMPLETE DESCRIPTION OF THE N-TERMINUS. XFIT/CCP4/TLS WAS ALSO USED IN REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18 1926 5.1 %RANDOM
Rwork0.139 ---
obs0.141 36027 97.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1831 0 1 422 2254
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0211909
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021796
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4111.9692571
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88234177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0795225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.0524.12497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.82815376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0461515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022072
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02390
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2383
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2380.22207
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.21177
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.230.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1150.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3060.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3360.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2440.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7941129
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.05461841
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.41110780
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.90513730
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.218 137
Rwork0.165 2413
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.0943 Å / Origin y: 8.3707 Å / Origin z: 2.9538 Å
111213212223313233
T0.0002 Å20.0026 Å20.0081 Å2--0.0243 Å20.0158 Å2--0.0241 Å2
L0.8771 °20.1355 °2-0.1374 °2-0.5342 °20.2144 °2--1.2711 °2
S-0.0123 Å °0.0176 Å °0.0003 Å °-0.0051 Å °-0.0029 Å °0.0649 Å °-0.0301 Å °-0.098 Å °0.0152 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-3 - 2229 - 234
2X-RAY DIFFRACTION1AB602
3X-RAY DIFFRACTION1AC603 - 958
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. reflection all: 37953 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor Rfree: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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