+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nzw | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cys302Ser mutant of human mitochondrial aldehyde dehydrogenase complexed with NADH and Mg2+ | ||||||
要素 | Aldehyde dehydrogenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ALDH / NAD / NADH / isomerization | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Metabolism of serotonin / : / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / aldehyde catabolic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation ...Metabolism of serotonin / : / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / aldehyde catabolic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation / carboxylesterase activity / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Smooth Muscle Contraction / Mitochondrial protein degradation / NAD binding / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / extracellular exosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å | ||||||
データ登録者 | Perez-Miller, S.J. / Hurley, T.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: Coenzyme isomerization is integral to catalysis in aldehyde dehydrogenase 著者: Perez-Miller, S.J. / Hurley, T.D. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nzw.cif.gz | 752.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1nzw.ent.gz | 625 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nzw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1nzw_validation.pdf.gz | 2.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1nzw_full_validation.pdf.gz | 3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1nzw_validation.xml.gz | 141.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1nzw_validation.cif.gz | 189.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/1nzw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/1nzw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54483.566 Da / 分子数: 8 断片: Complete mature sequence (does not contain mitochondrial leader sequence). 変異: C302S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH2 OR ALDM / プラスミド: PET7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P05091, aldehyde dehydrogenase (NAD+) #2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-NAI / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.77 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: ACES, PEG 6000, Guanidine HCl, MgCl2, DTT. Crystal soaked with NADH at pH 7.0 prior to data collection., pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / PH range low: 6.6 / PH range high: 6.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年8月28日 |
放射 | モノクロメーター: Osmic Confocal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→25 Å / Num. all: 109474 / Num. obs: 100497 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.402 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 7856 / % possible all: 72.4 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / Num. measured all: 369577 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 72.4 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1CW3 解像度: 2.65→24.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 4700324.58 / Data cutoff high rms absF: 4700324.58 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: maximum likelihood target using amplitudes
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.287674 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.4 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→24.65 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 10
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.218 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|