[日本語] English
万見
- PDB-1nxk: Crystal structure of staurosporine bound to MAP KAP kinase 2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nxk
タイトルCrystal structure of staurosporine bound to MAP KAP kinase 2
要素MAP kinase-activated protein kinase 2
キーワードTRANSFERASE / protein kinase / mk2 / phosphorylation / staurosporine
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / CREB phosphorylation / macropinocytosis / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / leukotriene metabolic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity ...calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / CREB phosphorylation / macropinocytosis / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / leukotriene metabolic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / regulation of interleukin-6 production / mitogen-activated protein kinase binding / positive regulation of macrophage cytokine production / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / toll-like receptor signaling pathway / p38MAPK cascade / inner ear development / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / regulation of cellular response to heat / p38MAPK events / regulation of mRNA stability / response to cytokine / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Regulation of TNFR1 signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / positive regulation of tumor necrosis factor production / MAPK cascade / Oxidative Stress Induced Senescence / response to lipopolysaccharide / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / ciliary basal body / inflammatory response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / DNA damage response / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MAP kinase activated protein kinase, C-terminal / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...MAP kinase activated protein kinase, C-terminal / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
STAUROSPORINE / MAP kinase-activated protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Underwood, K.W. / Parris, K.D. / Federico, E. / Mosyak, L. / Czerwinski, R.M. / Shane, T. / Taylor, M. / Svenson, K. / Liu, Y. / Hsiao, C.L. ...Underwood, K.W. / Parris, K.D. / Federico, E. / Mosyak, L. / Czerwinski, R.M. / Shane, T. / Taylor, M. / Svenson, K. / Liu, Y. / Hsiao, C.L. / Wolfrom, S. / Malakian, K. / Telliez, J.B. / Lin, L.L. / Kriz, R.W. / Seehra, J. / Somers, W.S. / Stahl, M.L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Catalytically active MAP KAP kinase 2 structures in complex with staurosporine and ADP reveal differences with the autoinhibited enzyme
著者: Underwood, K.W. / Parris, K.D. / Federico, E. / Mosyak, L. / Czerwinski, R.M. / Shane, T. / Taylor, M. / Svenson, K. / Liu, Y. / Hsiao, C.L. / Wolfrom, S. / Maguire, M. / Malakian, K. / ...著者: Underwood, K.W. / Parris, K.D. / Federico, E. / Mosyak, L. / Czerwinski, R.M. / Shane, T. / Taylor, M. / Svenson, K. / Liu, Y. / Hsiao, C.L. / Wolfrom, S. / Maguire, M. / Malakian, K. / Telliez, J.B. / Lin, L.L. / Kriz, R.W. / Seehra, J. / Somers, W.S. / Stahl, M.L.
履歴
登録2003年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MAP kinase-activated protein kinase 2
B: MAP kinase-activated protein kinase 2
C: MAP kinase-activated protein kinase 2
D: MAP kinase-activated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,82810
ポリマ－184,7704
非ポリマー2,0586
水75742
1
A: MAP kinase-activated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6592
ポリマ－46,1921
非ポリマー4671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MAP kinase-activated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8514
ポリマ－46,1921
非ポリマー6593
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: MAP kinase-activated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6592
ポリマ－46,1921
非ポリマー4671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: MAP kinase-activated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6592
ポリマ－46,1921
非ポリマー4671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: MAP kinase-activated protein kinase 2
B: MAP kinase-activated protein kinase 2
C: MAP kinase-activated protein kinase 2
D: MAP kinase-activated protein kinase 2
ヘテロ分子

A: MAP kinase-activated protein kinase 2
B: MAP kinase-activated protein kinase 2
C: MAP kinase-activated protein kinase 2
D: MAP kinase-activated protein kinase 2
ヘテロ分子

A: MAP kinase-activated protein kinase 2
B: MAP kinase-activated protein kinase 2
C: MAP kinase-activated protein kinase 2
D: MAP kinase-activated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)560,48430
ポリマ－554,31012
非ポリマー6,17518
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area57660 Å2
ΔGint-379 kcal/mol
Surface area137420 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)160.202, 160.202, 133.481
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

-
要素

#1: タンパク質
MAP kinase-activated protein kinase 2 / MAPK-activated protein kinase 2 / MAPKAP kinase 2 / MAPKAPK-2


分子量: 46192.473 Da / 分子数: 4 / 断片: MK2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPKAPK2 / プラスミド: pET16b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P49137, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: 化合物
ChemComp-STU / STAUROSPORINE / スタウロスポリン


分子量: 466.531 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H26N4O3
コメント: 抗がん剤, 抗真菌剤, 抗生剤, alkaloid*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2M ammonium sulfate, 100 mM HEPES pH 7.5, 2% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES1reservoirpH7.5
3200 mM1reservoirNaCl
410 mMdithiothreitol1reservoir
55 mM1reservoirMgCl2

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.211.1
シンクロトロンALS 5.0.220.95666, 0.97926, 0.97955
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月15日 / 詳細: Double crystal Si(111)
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double crystal Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
20.956661
30.979261
40.979551
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 53383 / Num. obs: 52352 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.01 % / Rmerge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 4467 / % possible all: 84.1
反射
*PLUS
% possible obs: 100 % / Num. measured all: 215726
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 12.576 / SU ML: 0.249 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.589 / ESU R Free: 0.331
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27442 2634 5 %RANDOM
Rwork0.23898 ---
all0.24079 52185 --
obs0.23872 49551 98.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.13 Å21.07 Å20 Å2
2--2.13 Å20 Å2
3----3.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9213 0 150 42 9405
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0229613
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.361.97913068
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.7351156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.21447
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.027231
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.30.25033
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1950.2403
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3060.2172
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2950.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3371.55840
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.59729431
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.62233773
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.1884.53637
LS精密化 シェル解像度: 2.701→2.77 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.344 155
Rwork0.346 3013
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.61271.5817-2.55652.7865-1.97165.44160.1357-0.195-0.1230.0378-0.2352-0.39110.12410.36230.09950.20220.0026-0.00930.08480.06970.2379110.48715.45956.774
25.00421.3491.47934.40910.01756.01530.150.0758-0.1317-0.1729-0.1328-0.6301-0.22780.5194-0.01720.2562-0.01380.13020.29870.12210.3363123.8429.3641.784
31.786-0.5093-0.4574.25142.33814.4894-0.10480.0722-0.20020.2085-0.04480.19530.2594-0.29840.14960.1754-0.0066-0.01980.0820.04480.183575.64213.58975.196
47.4778-0.1006-1.69153.8243-0.18113.1594-0.2412-0.36310.15110.38060.15920.1362-0.0166-0.10380.0820.33640.0266-0.04560.084-0.00050.170372.14533.82288.035
56.1830.69232.66791.57880.40743.196-0.00410.0157-0.3370.11970.1496-0.02670.29060.2196-0.14550.27720.00710.01410.025-0.07120.207179.3870.88738.199
61.6385-0.2576-0.10864.2520.99515.4461-0.1090.08640.0832-0.14640.0143-0.0585-0.0412-0.02350.09470.1858-0.0294-0.02640.1047-0.07360.270462.168.62822.625
75.5687-0.12051.65151.3526-0.03062.03450.1780.4709-0.439-0.385-0.12280.09480.27990.2265-0.05530.35980.01750.05290.3361-0.06690.244795.02529.8323.717
81.93660.49190.66610.65430.52272.7480.1811-0.0453-0.29590.1159-0.207-0.24920.56480.43770.02590.26360.04720.02410.43230.02090.2736113.62725.67919.721
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA43 - 21543 - 215
2X-RAY DIFFRACTION2AA227 - 345227 - 345
3X-RAY DIFFRACTION3BB44 - 21544 - 215
4X-RAY DIFFRACTION4BB227 - 345227 - 345
5X-RAY DIFFRACTION5CC41 - 21541 - 215
6X-RAY DIFFRACTION6CC227 - 357227 - 357
7X-RAY DIFFRACTION7DD43 - 21543 - 215
8X-RAY DIFFRACTION8DD224 - 342224 - 342
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.274 / Rfactor Rwork: 0.239
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg2.36

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る