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- PDB-1nuv: The Leadzyme Ribozyme Bound to Mg(H2O)6(II) and Sr(II) at 1.8 A r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nuv
タイトルThe Leadzyme Ribozyme Bound to Mg(H2O)6(II) and Sr(II) at 1.8 A resolution
要素
  • 5'-R(*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*G)-3'
  • 5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*C)-3'
キーワードRNA / RIBOZYME / LEADZYME / LEAD-DEPENDENT CLEAVAGE / MG(H2O)6(II) / BULGED NUCLEOTIDES / HYDRATED MAGNESIUM / SR(II) / PSEUDOHELICAL PACKING / STICKY ENDS / ALTERNATE CONFORMATION / HOMOPURINE BASE PAIRS
機能・相同性STRONTIUM ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Wedekind, J.E. / Mckay, D.B.
引用
ジャーナル: BIOCHEMISTRY / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of the leadzyme at 1.8 A resolution: metal ion binding and the implications for catalytic mechanism and allo site ion regulation.
著者: Wedekind, J.E. / McKay, D.B.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF A LEAD DEPENDENT RIBOZYME REVEALING METAL BINDING SITES RELEVANT TO CATALYSIS
著者: Wedekind, J.E. / McKay, D.B.
履歴
登録2003年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*G)-3'
B: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*C)-3'
C: 5'-R(*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*G)-3'
D: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*C)-3'
E: 5'-R(*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*G)-3'
F: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*C)-3'
G: 5'-R(*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*G)-3'
H: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,70024
ポリマ－30,9318
非ポリマー76916
水7,332407
1
A: 5'-R(*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*G)-3'
B: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8936
ポリマ－7,7332
非ポリマー1614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 5'-R(*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*G)-3'
D: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9576
ポリマ－7,7332
非ポリマー2244
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: 5'-R(*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*G)-3'
F: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9576
ポリマ－7,7332
非ポリマー2244
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: 5'-R(*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*G)-3'
H: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8936
ポリマ－7,7332
非ポリマー1614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.600, 60.600, 133.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: RNA鎖
5'-R(*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*G)-3'


分子量: 4194.598 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: THIS RIBOZYME WAS MADE BY IN VITRO SELECTION, REPORTED BY PAN & UHLENBECK
#2: RNA鎖
5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*C)-3'


分子量: 3538.154 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: THIS RIBOZYME WAS MADE BY IN VITRO SELECTION, REPORTED BY PAN & UHLENBECK
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-SR / STRONTIUM ION


分子量: 87.620 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.0238.62
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, ハンギングドロップ法6MPD, MG-ACETATE, CACODYLATE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
2932liquid diffusion6SOAKED IN 10 MM SrCl2, pH 6.0, LIQUID DIFFUSION, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2MG-ACETATE,11
3CACODYLATE11
4MPD12
5SrCl213
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
121-24 %(v/v)1reservoir
220 mM1reservoirMg(OAc)2
31 mMspermine-HCl1reservoir
450 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.0
51

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月5日
詳細: 16 POLE WIGGLER, FLAT MIRROR, SI(311) BENT MONO WITH HORIZONTAL FOCUS
放射モノクロメーター: SI(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→33.88 Å / Num. obs: 24885 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rsym value: 0.035 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Rsym value: 0.164
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 33.9 Å / Num. measured all: 228937 / Rmerge(I) obs: 0.035
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.164

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: NDB ENTRY UR0001

解像度: 1.81→28.1 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 1124 4.8 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs-23406 93.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 43.3844 Å2 / ksol: 0.314622 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.29 Å20.33 Å20 Å2
2--4.29 Å20 Å2
3----8.59 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→28.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2072 16 407 2495
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_deg13.7
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_impr_deg1.72
LS精密化 シェル解像度: 1.81→1.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 97 4.8 %
Rwork0.269 1941 -
obs--80.9 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 33.9 Å / % reflection Rfree: 8 % / Rfactor Rfree: 0.22 / Rfactor Rwork: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.72
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.86 Å / Rfactor Rfree: 0.271 / Rfactor Rwork: 0.268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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