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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nuo | ||||||
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タイトル | Two RTH Mutants with Impaired Hormone Binding | ||||||
![]() | Thyroid hormone receptor beta-1 | ||||||
![]() | HORMONE/GROWTH FACTOR RECEPTOR / Alpha Helix / Nuclear Receptor / Ligand Binding Domain / HORMONE-GROWTH FACTOR RECEPTOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / retinal cone cell development / thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation / thyroid hormone binding ...retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / retinal cone cell development / thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation / thyroid hormone binding / retinoic acid receptor signaling pathway / sensory perception of sound / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / chromatin DNA binding / transcription coactivator binding / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / cell differentiation / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huber, B.R. / Sandler, B. / West, B.L. / Cunha-Lima, S.T. / Nguyen, H.T. / Apriletti, J.W. / Baxter, J.D. / Fletterick, R.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Two resistance to thyroid hormone mutants with impaired hormone binding 著者: Huber, B.R. / Sandler, B. / West, B.L. / Cunha-Lima, S.T. / Nguyen, H.T. / Apriletti, J.W. / Baxter, J.D. / Fletterick, R.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29509.123 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-4HY / [ |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.28 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 800 mM sodium acetate, 100mM Sodium Cacodylate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD 詳細: a front end, vertically collimating premirror, double-crystal silicon (111) monochromator with a fixed-height exit beam, toroidal focusing mirror |
放射 | モノクロメーター: double-crystal silicon (111) monochromator with a fixed-height exit beam プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 15464 / Num. obs: 14845 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.53 % / Biso Wilson estimate: 61.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 19.77 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 6382 / % possible obs: 96.68 % / Num. measured all: 80196 / Rmerge(I) obs: 0.051 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Thyroid Hormone Receptor Beta LBD with Triac bound (unpublished) 解像度: 3.1→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å
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精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 5699 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.251 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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