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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nuh | ||||||
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タイトル | The crystal structure of human phosphoglucose isomerase complexed with 5-phosphoarabinonate | ||||||
要素 | glucose phosphate isomerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / ALDOSE-KETOSE ISOMERASE / GLYCOLYSIS ENZYME / NEUROTROPHIC GROWTH FACTOR / CYTOKINE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucose-6-phosphate isomerase / glucose-6-phosphate isomerase activity / hemostasis / glucose 6-phosphate metabolic process / carbohydrate derivative binding / Gluconeogenesis / monosaccharide binding / Glycolysis / erythrocyte homeostasis / ciliary membrane ...glucose-6-phosphate isomerase / glucose-6-phosphate isomerase activity / hemostasis / glucose 6-phosphate metabolic process / carbohydrate derivative binding / Gluconeogenesis / monosaccharide binding / Glycolysis / erythrocyte homeostasis / ciliary membrane / positive regulation of immunoglobulin production / response to testosterone / humoral immune response / mesoderm formation / response to immobilization stress / response to cadmium ion / response to muscle stretch / positive regulation of endothelial cell migration / cytokine activity / gluconeogenesis / response to progesterone / glycolytic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / growth factor activity / response to estradiol / glucose homeostasis / secretory granule lumen / in utero embryonic development / negative regulation of neuron apoptotic process / ficolin-1-rich granule lumen / carbohydrate metabolic process / learning or memory / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 精密化 / 解像度: 2.51 Å | ||||||
データ登録者 | Davies, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 タイトル: The structure of human phosphoglucose isomerase complexed with a transition-state analogue. 著者: Davies, C. / Muirhead, H. / Chirgwin, J. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: The Crystal Structure of Human Phosphoglucose Isomerase at 1.6 A Resolution: Implications for Catalytic Mechanism, Cytokine Activity and Haemolytic Anaemia 著者: Read, J. / Pearce, J. / Li, X. / Muirhead, H. / Chirgwin, J. / Davies, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nuh.cif.gz | 125 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nuh.ent.gz | 97.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nuh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/1nuh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/1nuh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1iatS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. The biologically active state is dimeric. The dimer is produced by applying the following operation: y,x,-z |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63229.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GPI / プラスミド: pET5a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P06744, glucose-6-phosphate isomerase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 糖 | ChemComp-PA5 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.06 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2.1 M ammonium sulphate, 100 mM Tris pH 8.5, 5 mM 5-phosphoarabinonate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 詳細: Read, J., (2001) J.Mol.Biol., 309, 447. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年12月15日 / 詳細: Osmic mirrors |
放射 | モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.51→94.4 Å / Num. all: 21797 / Num. obs: 21797 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 25.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rsym value: 0.128 / Net I/σ(I): 5.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.51→2.59 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.254 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 2171 / Rsym value: 0.254 / % possible all: 99.8 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 50 Å |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / % possible obs: 99.8 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 精密化 開始モデル: PDN ENTRY 1IAT 解像度: 2.51→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 11.31 / SU ML: 0.256 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.815 / ESU R Free: 0.324 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.156 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.51→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.51→2.565 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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