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万見
- PDB-1nt3: HUMAN NEUROTROPHIN-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nt3
タイトルHUMAN NEUROTROPHIN-3
要素PROTEIN (NEUROTROPHIN-3)
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR/NEUROPEPTIDE / NEUROTROPHIN / GROWTH FACTOR / CYSTINE KNOT / HORMONE-GROWTH FACTOR-NEUROPEPTIDE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


NTF3 activates NTRK3 signaling / NTF3 activates NTRK2 (TRKB) signaling / Activated NTRK3 signals through PLCG1 / Signaling by NTRK3 (TRKC) / nerve growth factor receptor binding / nerve growth factor signaling pathway / nerve development / induction of positive chemotaxis / Activated NTRK3 signals through PI3K / chemoattractant activity ...NTF3 activates NTRK3 signaling / NTF3 activates NTRK2 (TRKB) signaling / Activated NTRK3 signals through PLCG1 / Signaling by NTRK3 (TRKC) / nerve growth factor receptor binding / nerve growth factor signaling pathway / nerve development / induction of positive chemotaxis / Activated NTRK3 signals through PI3K / chemoattractant activity / positive regulation of receptor internalization / Activated NTRK3 signals through RAS / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / neuron projection morphogenesis / growth factor activity / modulation of chemical synaptic transmission / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / synaptic vesicle / nervous system development / cell-cell signaling / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / regulation of apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / axon / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Neurotrophin-3 / Neutrophin-3, N-terminal / Neutrophin-3 N-terminus / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) ...Neurotrophin-3 / Neutrophin-3, N-terminal / Neutrophin-3 N-terminus / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Butte, M.J. / Hwang, P.K. / Mobley, W.C. / Fletterick, R.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of neurotrophin-3 homodimer shows distinct regions are used to bind its receptors.
著者: Butte, M.J. / Hwang, P.K. / Mobley, W.C. / Fletterick, R.J.
履歴
登録1999年5月17日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (NEUROTROPHIN-3)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6491
ポリマ－13,6491
非ポリマー00
水1,15364
1
A: PROTEIN (NEUROTROPHIN-3)

A: PROTEIN (NEUROTROPHIN-3)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2992
ポリマ－27,2992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area12000 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)37.434, 52.067, 64.795
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-262-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (NEUROTROPHIN-3) / NT-3 / NT3


分子量: 13649.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20783
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.82 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 200 MM AMMONIUM SULFATE, 32% PEG 400, 100 MM MES AT PH 5.6, pH 7.5
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
3200 mMammonium sulfate1reservoir
4100 mMMES1reservoir
2Tris-HCl1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器日付: 1996年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 6760 / % possible obs: 86.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 40.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.97 % / Rmerge(I) obs: 0.506 / Mean I/σ(I) obs: 1.61 / Rsym value: 0.506 / % possible all: 85.2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NT3 PROTOMER OF 1BND

1bnd


解像度: 2.4→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high rms absF: 911806.99 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 478 11.2 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.219 4261 83.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 110.2 Å2 / ksol: 0.531 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 49.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.94 Å20 Å20 Å2
2---9.32 Å20 Å2
3---14.26 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.3 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数836 0 0 64 900
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.421.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it8.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.552
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.582.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.044 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 73 10.5 %
Rwork0.296 624 -
obs--84.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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