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- PDB-1nsq: MECHANISM OF PHOSPHATE TRANSFER BY NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE:... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nsq
タイトルMECHANISM OF PHOSPHATE TRANSFER BY NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE: X-RAY STRUCTURES OF A PHOSPHO-HISTIDINE INTERMEDIATE OF THE ENZYMES FROM DROSOPHILA AND DICTYOSTELIUM
要素NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
キーワードPHOSPHOTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside triphosphate biosynthetic process / regulation of tube architecture, open tracheal system / Azathioprine ADME / Ribavirin ADME / establishment or maintenance of polarity of follicular epithelium / open tracheal system development / epithelial cell migration, open tracheal system / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / deoxyribonucleoside triphosphate biosynthetic process / nuclear microtubule ...ribonucleoside triphosphate biosynthetic process / regulation of tube architecture, open tracheal system / Azathioprine ADME / Ribavirin ADME / establishment or maintenance of polarity of follicular epithelium / open tracheal system development / epithelial cell migration, open tracheal system / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / deoxyribonucleoside triphosphate biosynthetic process / nuclear microtubule / Neutrophil degranulation / adherens junction organization / nucleoside-diphosphate kinase / nucleotide metabolic process / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / microtubule-based process / kinase activity / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / GTP binding / magnesium ion binding / mitochondrion / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoside diphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Janin, J. / Chiadmi, M. / Morera, S. / Lebras, G. / Lascu, I.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Mechanism of phosphate transfer by nucleoside diphosphate kinase: X-ray structures of the phosphohistidine intermediate of the enzymes from Drosophila and Dictyostelium.
著者: Morera, S. / Chiadmi, M. / LeBras, G. / Lascu, I. / Janin, J.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure of the Awd Nucleoside Diphosphate Kinase from Drosophila
著者: Chiadmi, M. / Morera, S. / Lascu, I. / Dumas, C. / Lebras, G. / Veron, M. / Janin, J.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1992
タイトル: X-Ray Structure of Nucleoside Diphosphate Kinase
著者: Dumas, C. / Lascu, I. / Morera, S. / Glaser, P. / Fourme, R. / Wallet, V. / Lacombe, M.L. / Veron, M. / Janin, J.
履歴
登録1995年4月24日処理サイト: BNL
改定 1.01995年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
B: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
C: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8123
ポリマ－51,8123
非ポリマー00
水4,630257
1
A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
B: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
C: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
B: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
C: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,6256
ポリマ－103,6256
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_766-x+2,-x+y+1,-z+5/31
Buried area16800 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area35430 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)115.750, 115.750, 98.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE


分子量: 17270.830 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P08879, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.53 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 %PEG60001drop
220 mM1dropMgCl2
350 mMTris-HCl1drop
410 %PEG60001reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.17→15.1 Å / Num. obs: 32198 / % possible obs: 79 %
反射
*PLUS
Num. measured all: 184822 / Rmerge(I) obs: 0.077

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.18→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.18 -
obs0.18 30950
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3621 0 0 257 3878
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.59
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 31522
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 22 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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