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- PDB-1nrm: Gramicidin A in Dodecyl Phosphocholine Micelles (NMR) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nrm
タイトルGramicidin A in Dodecyl Phosphocholine Micelles (NMR)
要素GRAMICIDIN A
キーワードANTIBIOTIC / GRAMICIDIN / ANTIFUNGAL / ANTIBACTERIAL / ANTIBIOTICS / MEMBRANE ION CHANNEL / LINEAR GRAMICIDIN / DPC MICELLES
機能・相同性GRAMICIDIN A / :
機能・相同性情報
生物種BREVIBACILLUS BREVIS (バクテリア)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, RELAXATION MATRIX CALCULATION, MINIMIZATION
Model type detailsminimized average
データ登録者Townsley, L.E. / Hinton, J.F.
引用ジャーナル: Phd Thesis / 年: 2000
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Gramicidin Analogs in Micellar Environments Determined Using Two-Dimensional Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopic Techniques
著者: Townsley, L.E.
履歴
登録2003年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GRAMICIDIN A
B: GRAMICIDIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7652
ポリマ－3,7652
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルminimized average structure

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要素

#1: タンパク質・ペプチド GRAMICIDIN A / VALYL GRAMICIDIN


タイプ: Polypeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1882.294 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: GRAMICIDIN A IS A HEXADECAMERIC HELICAL PEPTIDE WITH ALTERNATING D,L CHARACTERISTICS. THE N-TERM IS FORMYLATED (RESIDUE 0). THE C-TERM IS CAPPED WITH ETHANOLAMINE (RESIDUE 16).
由来: (天然) BREVIBACILLUS BREVIS (バクテリア) / 参照: NOR: NOR00243, GRAMICIDIN A
構成要素の詳細GRAMICIDIN IS A HETEROGENEOUS MIXTURE OF SEVERAL COMPOUNDS INCLUDING GRAMICIDIN A, B AND C WHICH ...GRAMICIDIN IS A HETEROGENEOUS MIXTURE OF SEVERAL COMPOUNDS INCLUDING GRAMICIDIN A, B AND C WHICH ARE OBTAINED FROM BACILLUS BREVIS AND CALLED COLLECTIVELY GRAMICIDIN D HERE, GRAMICIDIN A IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 2D NOESY
NMR実験の詳細Text: A 65MSEC MIXING TIME WAS USED IN THE NOESY EXPERIMENT FROM WHICH DISTANCE CONSTRAINTS WERE OBTAINED.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
13.06MM GRAMICIDIN A
2~20MM DODECYL PHOSPHOCHOLINE
390% PH 4.0 POTASSIUM BIPHTHALATE BUFFER, 10% D2O
試料状態pH: 4.0 / 圧: AMBIENT / 温度: 328 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian VXRS / 製造業者: Varian / モデル: VXRS / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
DISCOVER 97.2BIOSYM/MSI精密化
VNMR 3.2構造決定
FELIX 95.0構造決定
DSPACE 4.0構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, RELAXATION MATRIX CALCULATION, MINIMIZATION
ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE WAS MODELED USING 705 DISTANCE CONSTRAINTS AND 13 HYDROGEN BOND CONSTRAINTS PER MONOMER, INCLUDING CONSTRAINTS BETWEEN THE MONOMERS. THE C2 SYMMETRY CONSTRAINT DOUBLES THIS ...詳細: THE STRUCTURE WAS MODELED USING 705 DISTANCE CONSTRAINTS AND 13 HYDROGEN BOND CONSTRAINTS PER MONOMER, INCLUDING CONSTRAINTS BETWEEN THE MONOMERS. THE C2 SYMMETRY CONSTRAINT DOUBLES THIS NUMBER OF CONSTRAINTS FOR THE DIMER. 100 STRUCTURES WERE GENERATED USING DSPACE, OF WHICH THE 10 WITH THE FEWEST VIOLATIONS FROM THE DISTANCE CONSTRAINTS WERE CHOSEN FOR THE AVERAGE STRUCTURE. THIS AVERAGE STRUCTURE WAS FURTHER REFINED BY CONSTRAINED MINIMIZATION WITH DISCOVER USING THE ALL-ATOM AMBER FORCE FIELD AND A DIELECTRIC CONSTANT OF 2.0 TO EMULATE THAT OF THE MICELLE INTERIOR.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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