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- PDB-1nr8: The crystal structure of a D-Lysine-based chiral PNA-DNA duplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nr8
タイトルThe crystal structure of a D-Lysine-based chiral PNA-DNA duplex
要素
  • 5'-D(P*AP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*TP*AP*C)-3'
  • H-((GPN)*(TPN)*(APN)*(GPN)*(A66)*(T66)*(C66)*(APN)*(CPN)*(TPN))-NH2
キーワードDNA/PEPTIDE NUCLEIC ACID / CHIRAL PEPTIDE NUCLEIC ACID / DOUBLE STRANDED HELIX / P-FORM / DNA-PEPTIDE NUCLEIC ACID COMPLEX
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Menchise, V. / De Simone, G. / Tedeschi, T. / Corradini, R. / Sforza, S. / Marchelli, R. / Capasso, D. / Saviano, M. / Pedone, C.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Insights into peptide nucleic acid (PNA) structural features: The crystal structure of a D-lysine-based chiral PNA-DNA duplex
著者: Menchise, V. / De Simone, G. / Tedeschi, T. / Corradini, R. / Sforza, S. / Marchelli, R. / Capasso, D. / Saviano, M. / Pedone, C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of a D-Lysine-based chiral PNA-DNA duplex
著者: Menchise, V. / De Simone, G. / Corradini, R. / Sforza, S. / Sorrentino, S. / Romanelli, A. / Saviano, M. / Pedone, C.
履歴
登録2003年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(P*AP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*TP*AP*C)-3'
B: H-((GPN)*(TPN)*(APN)*(GPN)*(A66)*(T66)*(C66)*(APN)*(CPN)*(TPN))-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9513
ポリマ－5,9272
非ポリマー241
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.94, 34.94, 35.80
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP31

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(P*AP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*TP*AP*C)-3'


分子量: 3044.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA
#2: DNA鎖 H-((GPN)*(TPN)*(APN)*(GPN)*(A66)*(T66)*(C66)*(APN)*(CPN)*(TPN))-NH2


分子量: 2883.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide nucleic acid
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
11.8131.5
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2981蒸気拡散法, ハンギングドロップ法6.3PEG 8000, AMMONIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
2982蒸気拡散法, ハンギングドロップ法6ISOPROPANOL, MAGNESIUM CHLORIDE, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1AMMONIUM ACETATE11
2PEG 800011
3Na CACODYLATE11
4AMMONIUM ACETATE12
5PEG 800012
6MgCl221
7MES21
8ISOPROPANOL21
9MgCl222
10ISOPROPANOL22
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Menchise, V., (2002) Acta Crystallogr.,Sect.D, 58, 553.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1100 mMammonium acetate1reservoir
228 %PEG80001reservoir
350 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.3
41
51

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-111.2
シンクロトロンELETTRA 5.2R20.918
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2002年2月11日
MARRESEARCH2CCD
放射プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.21
20.9181
反射解像度: 1.66→20 Å / Num. all: 5429 / Num. obs: 5429 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.66→1.72 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 525 / Rsym value: 0.185 / % possible all: 95.1
反射
*PLUS
Num. obs: 5617 / Num. measured all: 46117 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.1 % / Rmerge(I) obs: 0.185

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.66→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 579 10.7 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all0.214 5429 --
obs0.214 5429 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数211 202 1 80 494
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.11
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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