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- PDB-1pup: CRYSTAL STRUCTURE OF A PEPTIDE NUCLEIC ACID (PNA) DUPLEX AT 1.7 A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pup
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A PEPTIDE NUCLEIC ACID (PNA) DUPLEX AT 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION
要素PNA (H-P(*CPN*GPN*TPN*APN*CPN*GPN)-NH2)
キーワードPEPTIDE NUCLEIC ACID / DNA ANALOGUE / DOUBLE HELIX
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 単一同系置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Rasmussen, H. / Kastrup, J.S.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of a peptide nucleic acid (PNA) duplex at 1.7 A resolution.
著者: Rasmussen, H. / Kastrup, J.S. / Nielsen, J.N. / Nielsen, J.M. / Nielsen, P.E.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: A Nucleic Acid Triple Helix Formed by a Peptide Nucleic Acid-DNA Complex
著者: Betts, L. / Josey, J.A. / Veal, J.M. / Jordan, S.R.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Solution Structure of a Petide Nucleic Acid-DNA Duplex
著者: Eriksson, M. / Nielsen, P.E.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: NMR Solution Structure of a Peptide Nucleic Acid Complexed with RNA
著者: Brown, S.C. / Thomson, S.A. / Veal, J.M. / Davis, D.G.
履歴
登録1996年11月1日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01997年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32012年3月28日Group: Other
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PNA (H-P(*CPN*GPN*TPN*APN*CPN*GPN)-NH2)
B: PNA (H-P(*CPN*GPN*TPN*APN*CPN*GPN)-NH2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,1712
ポリマ－3,1712
非ポリマー00
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)17.970, 26.920, 33.780
Angle α, β, γ (deg.)88.20, 79.40, 82.50
Int Tables number2
Space group name H-MP-1

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要素

#1: DNA鎖 PNA (H-P(*CPN*GPN*TPN*APN*CPN*GPN)-NH2)


分子量: 1585.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.01 %
解説: DERIVATIVE DATA WERE COLLECTED AT EMBL, HAMBURG AT BEAMLINE X31 TO 1.9 A RESOLUTION.
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2NACL11
3MGCL211
4N(C16H33)(CH3)3BR11
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlPNA solution1drop
2300 mMsodium chloride1reservoir
310 mMmagnesium chloride1reservoir
41 mMcetyl trimethylammoniumbromide1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 285 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年9月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.7→25 Å / Num. obs: 5222 / % possible obs: 77 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 15.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.9 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / % possible all: 37
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 25 Å / % possible obs: 77 % / 冗長度: 1.9 %
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 1.9 Å / % possible obs: 37 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 1.7→6 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 530 10 %RANDOM
Rwork0.205 ---
all0.25 ---
obs0.205 5222 77 %-
原子変位パラメータBiso mean: 11.7 Å2
Refine Biso
クラスRefine-ID詳細Treatment
ALL ATOMSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
ALL WATERSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数236 0 0 82 318
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.73
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.78 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.184 21 10 %
Rwork0.285 182 -
obs--25 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARAM.PNA / Topol file: TOPH_JULY96.PNA
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.285

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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