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Yorodumi- PDB-2rjf: Crystal structure of L3MBTL1 in complex with H4K20Me2 (residues 1... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 2rjf | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of L3MBTL1 in complex with H4K20Me2 (residues 12-30), orthorhombic form I | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION / L(3)MBT-LIKE PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / Chromatin regulator / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Repressor / Transcription regulation / Zinc-finger / Chromosomal protein / Methylation / Nucleosome core | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationSAM domain binding / chromatin lock complex / constitutive heterochromatin formation / regulation of megakaryocyte differentiation / histone H4K20me2 reader activity / regulation of mitotic nuclear division / : / hemopoiesis / nucleosome binding / condensed chromosome ...SAM domain binding / chromatin lock complex / constitutive heterochromatin formation / regulation of megakaryocyte differentiation / histone H4K20me2 reader activity / regulation of mitotic nuclear division / : / hemopoiesis / nucleosome binding / condensed chromosome / Regulation of TP53 Activity through Methylation / heterochromatin formation / chromatin organization / histone binding / regulation of cell cycle / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / chromatin / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Allali-Hassani, A. / Liu, Y. / Herzanych, N. / Ouyang, H. / Mackenzie, F. / Crombet, L. / Loppnau, P. / Kozieradzki, I. / Vedadi, M. / Weigelt, J. ...Allali-Hassani, A. / Liu, Y. / Herzanych, N. / Ouyang, H. / Mackenzie, F. / Crombet, L. / Loppnau, P. / Kozieradzki, I. / Vedadi, M. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J.R. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2007Title: L3MBTL1 recognition of mono- and dimethylated histones. Authors: Min, J. / Allali-Hassani, A. / Nady, N. / Qi, C. / Ouyang, H. / Liu, Y. / MacKenzie, F. / Vedadi, M. / Arrowsmith, C.H. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 2rjf.cif.gz | 221.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb2rjf.ent.gz | 178.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 2rjf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 2rjf_validation.pdf.gz | 466.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 2rjf_full_validation.pdf.gz | 479.3 KB | Display | |
| Data in XML | 2rjf_validation.xml.gz | 41.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 2rjf_validation.cif.gz | 60.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/2rjf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/2rjf | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 2pqwSC ![]() 2rjcC ![]() 2rjdC ![]() 2rjeC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 37751.211 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: Residues 200-530 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: L3MBTL, KIAA0681, L3MBT / Plasmid: pET28a-mhl / Species (production host): Escherichia coli / Production host: ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 2344.763 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: Synthetic peptide #3: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.99 Å3/Da / Density % sol: 58.85 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 5% PEG 4000, 0.1M Sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E+ DW / Wavelength: 1.54 Å |
| Detector | Type: RIGAKU RAXIS / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jan 10, 2007 / Details: varimax |
| Radiation | Monochromator: Si / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.05→39.65 Å / Num. all: 86421 / Num. obs: 86421 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.082 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entry 2PQW Resolution: 2.05→39.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 8.027 / SU ML: 0.113 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.152 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 27.404 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→39.65 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 2.05→2.11 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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