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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nq9 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Antithrombin in the Pentasaccharide-Bound Intermediate State | |||||||||
![]() | Antithrombin-III | |||||||||
![]() | BLOOD CLOTTING / thrombin / inhibition / heparin analogue / SERINE PROTEASE INHIBITOR | |||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of blood coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / heparin binding / protease binding / : ...regulation of blood coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / heparin binding / protease binding / : / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Huntington, J.A. / Johnson, D.J.D. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Antithrombin in a Heparin-Bound Intermediate State 著者: Johnson, D.J.D. / Huntington, J.A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 181.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 142.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1e05S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49101.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Alpha glycoform purified from discarded plasma / 由来: (天然) ![]() #2: 多糖 | 詳細: NTP is a synthetic pentasaccharide based on the naturally occurring antithrombin-binding sequence of heparin #3: 多糖 | #4: 糖 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.4 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: PEG 3350, Ammonium Fluoride, Tris, glycerol, 1,8-ANS , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→24.62 Å / Num. all: 33483 / Num. obs: 33481 / % possible obs: 99.99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 60.587 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 14878 / Rsym value: 0.571 / % possible all: 97.8 |
反射 | *PLUS Num. obs: 33466 / % possible obs: 99.6 % / Num. measured all: 120627 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.6 % / Num. unique obs: 4740 / Num. measured obs: 14878 / Rmerge(I) obs: 0.571 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1E05 解像度: 2.6→24.43 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.43 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→24.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.024
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精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 31798 / Rfactor Rfree: 0.25 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_d |