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- PDB-1npi: Tityus Serrulatus Neurotoxin (Ts1) at atomic resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1npi
タイトルTityus Serrulatus Neurotoxin (Ts1) at atomic resolution
要素Toxin VII
キーワードTOXIN / XCITATORY NEUROTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel inhibitor activity / defense response to fungus / toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like ...Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Beta-mammal/insect toxin Ts1
類似検索 - 構成要素
生物種Tityus serrulatus (サソリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.16 Å
データ登録者Pinheiro, C.B. / Marangoni, S. / Toyama, M.H. / Polikarpov, I.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Structural analysis of Tityus serrulatus Ts1 neurotoxin at atomic resolution: insights into interactions with Na+ channels.
著者: Pinheiro, C.B. / Marangoni, S. / Toyama, M.H. / Polikarpov, I.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Crystallization and preliminary diffraction data of neurotoxin Ts-c from the venom of the scorpion Tityus serrulatus
著者: Golubev, A.M. / Lee, W.H. / Marangoni, S. / Novello, J.C. / Oliveira, B. / Toyama, M.H. / Polikarpov, I.
履歴
登録2003年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toxin VII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0913
ポリマ－6,9011
非ポリマー1902
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)23.250, 36.610, 31.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Toxin VII / TsTX-VII


分子量: 6901.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tityus serrulatus (サソリ) / 参照: UniProt: P15226
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 13.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 6000, potassium phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
詳細: Golubev, A.M., (1998) Acta Crystallogr., Sect.D, 54, 1440.
PH range low: 6.5 / PH range high: 5.2
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
215 %(w/v)PEG60001reservoir
350 mMpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.28, 1.38
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.281
21.381
反射解像度: 1.16→12.5 Å / Num. all: 16095 / Num. obs: 11943 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.16→1.19 Å / % possible all: 52
反射
*PLUS
最低解像度: 12 Å / % possible obs: 92 % / Num. measured all: 16095 / Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 52 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータ削減
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1B7D

1b7d


解像度: 1.16→12.5 Å / Num. parameters: 5797 / Num. restraintsaints: 5711 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 4 / σ(I): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1391 623 4.9 %RANDOM
Rwork0.0821 ---
all0.1033 16095 --
obs0.0878 12566 78 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 7 / Occupancy sum hydrogen: 442.78 / Occupancy sum non hydrogen: 574.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.16→12.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数478 0 10 114 602
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0301
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.056
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.059
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.093
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.1587 / Rfactor Rwork: 0.0974
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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