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万見
- PDB-1t7a: Crystal structure of mutant Lys8Asp of scorpion alpha-like neurot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t7a
タイトルCrystal structure of mutant Lys8Asp of scorpion alpha-like neurotoxin BmK M1 from Buthus martensii Karsch
要素Alpha-like neurotoxin BmK-I
キーワードTOXIN / Intramolecular Switch / Cis/Trans Isomerization / Non-Proline peptide Bond / Scorpion Toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel inhibitor activity / defense response / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like ...Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-like toxin BmK M1
類似検索 - 構成要素
生物種Mesobuthus martensii (サソリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Xiang, Y. / Guan, R.J. / He, X.L. / Wang, C.G. / Wang, M. / Zhang, Y. / Sundberg, E.J. / Wang, D.C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structural Mechanism Governing Cis and Trans Isomeric States and an Intramolecular Switch for Cis/Trans Isomerization of a Non-proline Peptide Bond Observed in Crystal Structures of Scorpion Toxins
著者: Guan, R.J. / Xiang, Y. / He, X.L. / Wang, C.G. / Wang, M. / Zhang, Y. / Sundberg, E.J. / Wang, D.C.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structures of two alpha-like scorpion toxins: non-proline cis peptide bonds and implications for new binding site selectivity on the sodium channel
著者: He, X.L. / Li, H.M. / Zeng, Z.H. / Liu, X.Q. / Wang, M. / Wang, D.C.
#2: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 1999
タイトル: Expression and purification of the BmK M1 neurotoxin from the scorpion Buthus martensii Karsch
著者: Shao, F. / Xiong, Y.M. / Zhu, R.H. / Ling, M.H. / Chi, C.W. / Wang, D.C.
#3: ジャーナル: Toxicon / 年: 1997
タイトル: The CDNA and genomic DNA sequences of a mammalian neurotoxin from the scorpion Buthus martensii Karsch
著者: Xiong, Y.M. / Ling, M.H. / Wang, D.C. / Chi, C.W.
履歴
登録2004年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-like neurotoxin BmK-I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4221
ポリマ－7,4221
非ポリマー00
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.452, 44.343, 25.491
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Alpha-like neurotoxin BmK-I / Bmk M1 / BmK I / BmKI / BmK1 / BmK-M1 / BmKM1


分子量: 7422.364 Da / 分子数: 1 / 変異: K8D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesobuthus martensii (サソリ) / 遺伝子: BmK M1 / プラスミド: PVT 102U-ALPHA / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): S-78 / 参照: UniProt: P45697
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: sodium phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 283 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月20日
放射モノクロメーター: SILICON (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 8946 / Num. obs: 8946 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 11.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 28.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / Num. unique all: 814 / Rsym value: 0.175 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SN1

1sn1


解像度: 1.5→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 247438.47 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.183 617 7 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.165 8946 96.7 %-
all-8946 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.0976 Å2 / ksol: 0.335499 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.27 Å20 Å20 Å2
2--2.09 Å20 Å2
3----0.82 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.16 Å0.14 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.07 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数516 0 0 84 600
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.061.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.722
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.832
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.752.5
LS精密化 シェル最高解像度: 1.5 Å / Num. reflection Rwork: 1341 / Total num. of bins used: 6
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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