+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nol | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | OXYGENATED HEMOCYANIN (SUBUNIT TYPE II) | ||||||
要素 | HEMOCYANIN (SUBUNIT TYPE II) | ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloride ion binding / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxidoreductase activity / copper ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Limulus polyphemus (カブトガニ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Hazes, B. / Hol, W.G.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1993 タイトル: Crystal structure of deoxygenated Limulus polyphemus subunit II hemocyanin at 2.18 A resolution: clues for a mechanism for allosteric regulation. 著者: Hazes, B. / Magnus, K.A. / Bonaventura, C. / Bonaventura, J. / Dauter, Z. / Kalk, K.H. / Hol, W.G. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989 タイトル: Crystal Structure of Hexameric Haemocyanin from Panulirus Interruptus Refined at 3.2 Angstroms Resolution 著者: Volbeda, A. / Hol, W.G.J. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986 タイトル: Structure of Hemocyanin II from the Horseshoe Crab, Limulus Polyphemus 著者: Nakashima, H. / Behrens, P.Q. / Moore, M.D. / Yokota, E. / Riggs, A.F. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nol.cif.gz | 136.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1nol.ent.gz | 110.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nol.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1nol_validation.pdf.gz | 434.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1nol_full_validation.pdf.gz | 448.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1nol_validation.xml.gz | 25.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1nol_validation.cif.gz | 36.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/1nol ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/1nol | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Atom site foot note | 1: GLU 309 - SER 310 OMEGA = 356.79 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 2: GLY 525 - LEU 526 OMEGA = 113.53 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 3: CIS PROLINE - PRO 599 | ||||||||
詳細 | BIOLOGICAL UNIT THE CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS PRESENTED BELOW GENERATE THE SUBUNITS OF THE POLYMERIC MOLECULE. APPLIED TO RESIDUES: 1 .. 633 A HEMOCYANIN HEXAMER IS OBTAINED BY APPLYING THE CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY OPERATORS. HOWEVER, ONE SHOULD REMEMBER THAT IN THE BIOLOGICAL MOLECULE THERE ARE 8 OF THESE HEXAMERS AND THAT EACH HEXAMER CONSISTS OF SEVERAL CHAINS WITH RELATED BUT DIFFERENT AMINO ACID SEQUENCES. SYMMETRY1 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SYMMETRY2 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY1 2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 2 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SYMMETRY3 2 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY1 3 0.000000 -1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 3 -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 3 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 SYMMETRY1 4 -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 4 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 SYMMETRY3 4 0.000000 -1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY1 5 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 SYMMETRY2 5 0.000000 -1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 5 -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 |
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 72757.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Limulus polyphemus (カブトガニ) / 組織: HEMOLYMPH / 参照: UniProt: P04253 |
---|
-非ポリマー , 5種, 217分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 化合物 | ChemComp-NO3 / | #5: 化合物 | ChemComp-PER / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
構成要素の詳細 | THE STRUCTURE IS BELIEVED TO REPRESENT AN OXYGENATED |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.59 % |
---|---|
結晶化 | PH範囲: 6.5-7.0 |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
---|---|
放射光源 | 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→33.8 Å / Num. obs: 24861 / % possible obs: 83.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.052 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 0 詳細: THE NON-STANDARD RHOMBOHEDRAL SETTING OF R 3 2 WAS USED.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|