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- PDB-1nol: OXYGENATED HEMOCYANIN (SUBUNIT TYPE II) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nol
タイトルOXYGENATED HEMOCYANIN (SUBUNIT TYPE II)
要素HEMOCYANIN (SUBUNIT TYPE II)
キーワードOXYGEN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


chloride ion binding / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxidoreductase activity / copper ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Hemocyanin, N-terminal domain / Hemocyanin, C-terminal domain / Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 1. / Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 2. / Hemocyanin, N-terminal / Hemocyanin, N-terminal domain superfamily / Hemocyanin, all-alpha domain / Hemocyanin/hexamerin middle domain / Hemocyanin, C-terminal / Hemocyanin, C-terminal domain superfamily ...Hemocyanin, N-terminal domain / Hemocyanin, C-terminal domain / Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 1. / Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 2. / Hemocyanin, N-terminal / Hemocyanin, N-terminal domain superfamily / Hemocyanin, all-alpha domain / Hemocyanin/hexamerin middle domain / Hemocyanin, C-terminal / Hemocyanin, C-terminal domain superfamily / Hemocyanin, copper containing domain / Hemocyanin, ig-like domain / Hemocyanin/hexamerin / Hemocyanin, N-terminal domain / di-copper center containing domain from catechol oxidase / Di-copper center containing domain from catechol oxidase / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / NITRATE ION / PEROXIDE ION / Hemocyanin II
類似検索 - 構成要素
生物種Limulus polyphemus (カブトガニ)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hazes, B. / Hol, W.G.J.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1993
タイトル: Crystal structure of deoxygenated Limulus polyphemus subunit II hemocyanin at 2.18 A resolution: clues for a mechanism for allosteric regulation.
著者: Hazes, B. / Magnus, K.A. / Bonaventura, C. / Bonaventura, J. / Dauter, Z. / Kalk, K.H. / Hol, W.G.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Crystal Structure of Hexameric Haemocyanin from Panulirus Interruptus Refined at 3.2 Angstroms Resolution
著者: Volbeda, A. / Hol, W.G.J.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986
タイトル: Structure of Hemocyanin II from the Horseshoe Crab, Limulus Polyphemus
著者: Nakashima, H. / Behrens, P.Q. / Moore, M.D. / Yokota, E. / Riggs, A.F.
履歴
登録1995年10月17日処理サイト: BNL
改定 1.01996年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOCYANIN (SUBUNIT TYPE II)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0196
ポリマ－72,7581
非ポリマー2615
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.002, 117.002, 117.002
Angle α, β, γ (deg.)60.02, 60.02, 60.02
Int Tables number155
Space group name H-MR32
Atom site foot note1: GLU 309 - SER 310 OMEGA = 356.79 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: GLY 525 - LEU 526 OMEGA = 113.53 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
3: CIS PROLINE - PRO 599
詳細BIOLOGICAL UNIT THE CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS PRESENTED BELOW GENERATE THE SUBUNITS OF THE POLYMERIC MOLECULE. APPLIED TO RESIDUES: 1 .. 633 A HEMOCYANIN HEXAMER IS OBTAINED BY APPLYING THE CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY OPERATORS. HOWEVER, ONE SHOULD REMEMBER THAT IN THE BIOLOGICAL MOLECULE THERE ARE 8 OF THESE HEXAMERS AND THAT EACH HEXAMER CONSISTS OF SEVERAL CHAINS WITH RELATED BUT DIFFERENT AMINO ACID SEQUENCES. SYMMETRY1 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SYMMETRY2 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY1 2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 2 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SYMMETRY3 2 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY1 3 0.000000 -1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 3 -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 3 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 SYMMETRY1 4 -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 4 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 SYMMETRY3 4 0.000000 -1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY1 5 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 SYMMETRY2 5 0.000000 -1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 5 -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 HEMOCYANIN (SUBUNIT TYPE II)


分子量: 72757.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Limulus polyphemus (カブトガニ) / 組織: HEMOLYMPH / 参照: UniProt: P04253

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非ポリマー , 5種, 217分子

#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 化合物 ChemComp-PER / PEROXIDE ION


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THE STRUCTURE IS BELIEVED TO REPRESENT AN OXYGENATED LOW OXYGEN AFFINITY (OR T-STATE) CONFORMATION.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.59 %
結晶化PH範囲: 6.5-7.0
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→33.8 Å / Num. obs: 24861 / % possible obs: 83.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.052

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MADNES/KABSCHPROFILESデータ収集
X-PLOR2.1モデル構築
X-PLOR2.1精密化
MADNESデータ削減
KABSCHデータ削減
PROFILESデータ削減
X-PLOR2.1位相決定
精密化解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 0
詳細: THE NON-STANDARD RHOMBOHEDRAL SETTING OF R 3 2 WAS USED.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.181 --
obs0.181 24024 83.4 %
原子変位パラメータBiso mean: 16.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4933 0 9 212 5154
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it0.50.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it11
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it11
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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