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- PDB-1no3: REFINED STRUCTURE OF SOYBEAN LIPOXYGENASE-3 WITH 4-NITROCATECHOL ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1no3
タイトルREFINED STRUCTURE OF SOYBEAN LIPOXYGENASE-3 WITH 4-NITROCATECHOL AT 2.15 ANGSTROM RESOLUTION
要素Lipoxygenase-3
キーワードOXIDOREDUCTASE / lipoxygenase / 4-nitrocatechol / iron
機能・相同性
機能・相同性情報


linoleate 9S-lipoxygenase / linoleate 9S-lipoxygenase activity / oxylipin biosynthetic process / lipid oxidation / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipoxygenase-1; domain 3 / Lipoxygenase-1; Domain 3 / Lipoxygenase-1; domain 2 / Lipoxygenase-1; Domain 2 / Lipoxygenase, plant / Lipoxygenase, domain 3 / Plant lipoxygenase, PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase-1; domain 5 / Lipoxygenase-1; Domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #60 ...Lipoxygenase-1; domain 3 / Lipoxygenase-1; Domain 3 / Lipoxygenase-1; domain 2 / Lipoxygenase-1; Domain 2 / Lipoxygenase, plant / Lipoxygenase, domain 3 / Plant lipoxygenase, PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase-1; domain 5 / Lipoxygenase-1; Domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #60 / PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / Lipoxygenase-1 / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily / Lipoxygenase / Lipoxygenase iron-binding catalytic domain profile. / Lipoxygenase homology 2 (beta barrel) domain / PLAT/LH2 domain / PLAT/LH2 domain superfamily / PLAT/LH2 domain / PLAT domain profile. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Few Secondary Structures / Irregular / Roll / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-NITROCATECHOL / : / Seed linoleate 9S-lipoxygenase-3
類似検索 - 構成要素
生物種Glycine max (ダイズ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Skrzypczak-Jankun, E. / Borbulevych, O.Y. / Jankun, J.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Soybean lipoxygenase-3 in complex with 4-nitrocatechol.
著者: Skrzypczak-Jankun, E. / Borbulevych, O.Y. / Jankun, J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Structural and thermochemical characterization of Lipoxygenase-catechol complexes
著者: Pham, C. / Jankun, J. / Skrzypczak-Jankun, E. / Flowers, R.A. / Funk Jr., M.O.
履歴
登録2003年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2003年6月3日ID: 1BYT
改定 1.02003年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoxygenase-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,1303
ポリマ－96,9191
非ポリマー2112
水8,899494
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.905, 137.531, 61.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1504-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Lipoxygenase-3


分子量: 96919.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Glycine max (ダイズ) / 株: Resnick Cultivar / 参照: UniProt: P09186, linoleate 13S-lipoxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-4NC / 4-NITROCATECHOL


分子量: 155.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.91 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 20% PEG 8000, citrate-phosphate buffer 0.05M, tris.HCl, 0.2% sodium azide, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
手法: unknown

-
データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月15日 / 詳細: Focusing mirrors
放射モノクロメーター: Focussing mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→40 Å / Num. all: 50978 / Num. obs: 50343 / % possible obs: 0.988 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 34.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / Num. unique all: 5046 / % possible all: 0.993
反射
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. obs: 49989 / % possible obs: 99.1 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4V. 4.2.1 (MOLREP)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BYT

1byt
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.15→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 5.532 / SU ML: 0.144 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic thermal model / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.259 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2326 2543 5.1 %RANDOM
Rwork0.1863 ---
all0.1887 49989 --
obs0.1887 47446 99.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.91 Å20 Å20.97 Å2
2--0.63 Å20 Å2
3----1.36 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6799 0 12 494 7305
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0216998
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9791.9559502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4515852
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.21035
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.025368
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1610.072990
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2020.4637
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1480.0749
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2980.413
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9291.54254
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.65226897
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.90232744
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1634.52605
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.203 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 170 -
Rwork0.225 3394 -
obs-3394 0.992 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.5675 Å / Origin y: 4.0796 Å / Origin z: 15.6647 Å
111213212223313233
T0.0146 Å20.0312 Å2-0.0271 Å2-0.0694 Å2-0.0554 Å2--0.0528 Å2
L0.988 °20.355 °2-0.3657 °2-1.5 °2-0.3657 °2--1.525 °2
S0.0003 Å °0.0128 Å °-0.0089 Å °0.0492 Å °0.0576 Å °0.1227 Å °-0.0064 Å °-0.1604 Å °-0.0579 Å °
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Rfactor Rfree: 0.233 / Rfactor Rwork: 0.186
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_deg7.451

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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