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- PDB-1nls: CONCANAVALIN A AND ITS BOUND SOLVENT AT 0.94A RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nls
タイトルCONCANAVALIN A AND ITS BOUND SOLVENT AT 0.94A RESOLUTION
要素CONCANAVALIN A
キーワードAGGLUTININ / CONCANAVALIN A / LECTIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / D-mannose binding / defense response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Concanavalin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 0.94 Å
データ登録者Deacon, A.M. / Gleichmann, T. / Helliwell, J.R. / Kalb(Gilboa), A.J.
引用
ジャーナル: J.Chem.Soc.,Faraday Trans. / 年: 1997
タイトル: The Structure of Concanavalin a and its Bound Solvent Determined with Small-Molecule Accuracy at 0.94 A Resolution
著者: Deacon, A. / Gleichmann, T. / Kalb(Gilboa), A.J. / Price, H. / Raftery, J. / Bradbrook, G. / Yariv, J. / Helliwell, J.R.
#1: ジャーナル: J.Chem.Soc.,Faraday Trans. / 年: 1997
タイトル: Neutron Laue Diffraction Study of Concanavalin A. The Proton of Asp28
著者: Habash, J. / Raftery, J. / Weisgerber, S. / Cassetta, A. / Lehmann, M.S. / Hoghoj, P. / Wilkinson, C. / Campbell, J.W. / Helliwell, J.R.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994
タイトル: High-Resolution Structures of Single-Metal-Substituted Concanavalin A: The Co,Ca-Protein at 1.6 A and the Ni,Ca-Protein at 2.0 A
著者: Emmerich, C. / Helliwell, J.R. / Redshaw, M. / Naismith, J.H. / Harrop, S.J. / Raftery, J. / Kalb(Gilboa), A.J. / Yariv, J. / Dauter, Z. / Wilson, K.S.
#3: ジャーナル: J.Chem.Soc.,Faraday Trans. / 年: 1993
タイトル: High Resolution Crystallographic Studies of Native Concanavalin a Using Rapid Laue Data Collection Methods and the Introduction of a Monochromatic Large-Angle Oscillation Technique (Lot)
著者: Weisgerber, S. / Helliwell, J.R.
履歴
登録1997年1月28日処理サイト: BNL
改定 1.01997年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CONCANAVALIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7173
ポリマ－25,6221
非ポリマー952
水5,747319
1
A: CONCANAVALIN A
ヘテロ分子

A: CONCANAVALIN A
ヘテロ分子

A: CONCANAVALIN A
ヘテロ分子

A: CONCANAVALIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,87012
ポリマ－102,4904
非ポリマー3808
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.550, 86.460, 62.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-534-

HOH

21A-544-

HOH

詳細CONCANAVALIN A EXISTS AS A TETRAMER, ALTHOUGH THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS A MONOMER. THE TETRAMER CAN BE GENERATED BY SYMMETRY OPERATORS.

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要素

#1: タンパク質 CONCANAVALIN A


分子量: 25622.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canavalia ensiformis (タチナタマメ) / 参照: UniProt: P02866
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化pH: 6.8 / 詳細: pH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.92
検出器検出器: CCD / 日付: 1994 / 詳細: MIRROR + MONO POINT FOCUSSING
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 116923 / % possible obs: 75.4 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.093
反射 シェル解像度: 0.94→1.01 Å / Rmerge(I) obs: 0.15 / % possible all: 30.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97モデル構築
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXL-97位相決定
精密化解像度: 0.94→8 Å / Num. parameters: 19158 / Num. restraintsaints: 23649
立体化学のターゲット値: 0.02A BOND LENGTH ESDS RESTRAINT
詳細: RESIDUE THR 120 IS POORLY DEFINED IN ELECTRON DENSITY. THE FOLLOWING RESIDUES HAVE SIDE CHAINS MODELLED WITH TWO CONFORMATIONS AND WERE REFINED WITH COMPLEMENTARY OCCUPANCIES: LEU 9, SER 21, ...詳細: RESIDUE THR 120 IS POORLY DEFINED IN ELECTRON DENSITY. THE FOLLOWING RESIDUES HAVE SIDE CHAINS MODELLED WITH TWO CONFORMATIONS AND WERE REFINED WITH COMPLEMENTARY OCCUPANCIES: LEU 9, SER 21, ILE 25, ILE 27, LYS 39, MET 42, LYS 59, ARG 60, VAL 65, SER 72, ASP 78, LEU 107, SER 110, SER 113, ASN 124, SER 164, SER 185, VAL 188, GLU 192, THR 196, SER 204, SER 215, ASP 218, SER 220, SER 223. CIS PEPTIDES 1 AND 2 ARE DUE TO POORLY DEFINED ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.154 1167 1 %
obs0.127 -75 %
all-116712 -
溶媒の処理溶媒モデル: SHELXL SWAT
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.06 Å / Luzzati sigma a obs: 0.02 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.94→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1809 0 2 323 2134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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