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- PDB-1nkp: Crystal structure of Myc-Max recognizing DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nkp
タイトルCrystal structure of Myc-Max recognizing DNA
要素
  • 5'-D(*CP*GP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*C)-3'
  • Max protein
  • Myc proto-oncogene protein
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION / DNA / bHLHZ / oncogene / heterodimer / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Mad-Max complex / positive regulation of metanephric cap mesenchymal cell proliferation / SCF ubiquitin ligase complex binding / Myc-Max complex / negative regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / regulation of somatic stem cell population maintenance / regulation of cell cycle process / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / RNA polymerase II transcription repressor complex / RUNX3 regulates WNT signaling ...Mad-Max complex / positive regulation of metanephric cap mesenchymal cell proliferation / SCF ubiquitin ligase complex binding / Myc-Max complex / negative regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / regulation of somatic stem cell population maintenance / regulation of cell cycle process / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / RNA polymerase II transcription repressor complex / RUNX3 regulates WNT signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors / negative regulation of cell division / negative regulation of monocyte differentiation / response to growth factor / transcription regulator activator activity / protein-DNA complex disassembly / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / fibroblast apoptotic process / Regulation of NFE2L2 gene expression / regulation of telomere maintenance / cellular response to peptide hormone stimulus / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / Signaling by ALK / branching involved in ureteric bud morphogenesis / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / rRNA metabolic process / E-box binding / Transcriptional Regulation by E2F6 / positive regulation of telomere maintenance / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / MLL1 complex / response to axon injury / chromosome organization / core promoter sequence-specific DNA binding / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / negative regulation of fibroblast proliferation / ERK1 and ERK2 cascade / transcription coregulator binding / positive regulation of epithelial cell proliferation / cellular response to starvation / response to insulin / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / MAPK6/MAPK4 signaling / protein-DNA complex / PML body / positive regulation of miRNA transcription / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / G1/S transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II transcription regulator complex / Transcriptional regulation of granulopoiesis / positive regulation of fibroblast proliferation / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to UV / MAPK cascade / cellular response to xenobiotic stimulus / regulation of gene expression / retina development in camera-type eye / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / protein-containing complex assembly / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / neuron apoptotic process / DNA-binding transcription factor binding / cellular response to hypoxia / Estrogen-dependent gene expression / intracellular iron ion homeostasis / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / Ub-specific processing proteases / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to xenobiotic stimulus / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / DNA damage response / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Leucine zipper, Myc / Myc leucine zipper domain / Transcription regulator Myc / Transcription regulator Myc, N-terminal / : / Myc amino-terminal region / Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain ...Leucine zipper, Myc / Myc leucine zipper domain / Transcription regulator Myc / Transcription regulator Myc, N-terminal / : / Myc amino-terminal region / Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Myc proto-oncogene protein / Protein max
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / Phased translation search / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nair, S.K. / Burley, S.K.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2003
タイトル: X-ray structures of Myc-Max and Mad-Max recognizing DNA: Molecular bases of regulation by proto-oncogenic transcription factors
著者: Nair, S.K. / Burley, S.K.
履歴
登録2003年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: 5'-D(*CP*GP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*C)-3'
G: 5'-D(*CP*GP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*C)-3'
H: 5'-D(*CP*GP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*C)-3'
J: 5'-D(*CP*GP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*C)-3'
A: Myc proto-oncogene protein
B: Max protein
D: Myc proto-oncogene protein
E: Max protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7498
ポリマ－63,7498
非ポリマー00
水10,467581
1
F: 5'-D(*CP*GP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*C)-3'
G: 5'-D(*CP*GP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*C)-3'
A: Myc proto-oncogene protein
B: Max protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8754
ポリマ－31,8754
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: 5'-D(*CP*GP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*C)-3'
J: 5'-D(*CP*GP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*C)-3'
D: Myc proto-oncogene protein
E: Max protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8754
ポリマ－31,8754
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.244, 45.128, 86.484
Angle α, β, γ (deg.)87.91, 84.61, 71.50
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*CP*GP*AP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*C)-3'


分子量: 5805.760 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Myc proto-oncogene protein / c-myc


分子量: 10468.156 Da / 分子数: 2 / Fragment: bHLHZ region / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Myc / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01106
#3: タンパク質 Max protein


分子量: 9795.012 Da / 分子数: 2 / Fragment: bHLHZ region / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Max / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61244
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 581 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.95 %
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
13-7% PEG 400011
230% methyl pentane diol11
31MM cobalt hexamine chloride11
450MM sodium cacodylate pH 6.511
5PEG 400012
6methyl pentane diol12
7cobalt hexamine chloride12
8sodium cacodylate pH 6.512
結晶化
*PLUS
温度: 15 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
13-7 %PEG40001reservoir
230 %MPD1reservoir
31 mMcobalt hexammine chloride1reservoir
450 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.5
510 mg/mlprotein1drop
61
71
81

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.91 Å
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 49228 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 4 / Rmerge(I) obs: 0.053
反射
*PLUS
Num. measured all: 276421
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
CNS精密化
HKL-2000データ削減
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: Phased translation search
開始モデル: PDB ENTRY 1AN2

1an2


解像度: 1.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.263 4123 Random
Rwork0.219 --
obs0.219 40874 -
all-49228 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.674 Å2-1.363 Å2-2.839 Å2
2--6.3 Å2-7.378 Å2
3----5.627 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2785 1540 0 581 4906
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0048
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.94736
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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