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- PDB-1nk5: ADENINE-ADENINE MISMATCH AT THE POLYMERASE ACTIVE SITE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nk5
タイトルADENINE-ADENINE MISMATCH AT THE POLYMERASE ACTIVE SITE
要素
  • DNA POLYMERASE I
  • DNA PRIMER STRAND
  • DNA TEMPLATE STRAND
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA POLYMERASE I / DNA REPLICATION / KLENOW FRAGMENT / PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA MISMATCH / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-3' exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 ...DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 / Alpha-Beta Plaits - #370 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / PIN-like domain superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase I
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Johnson, S.J. / Beese, L.S.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2004
タイトル: Structures of mismatch replication errors observed in a DNA polymerase.
著者: Johnson, S.J. / Beese, L.S.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Processive DNA synthesis observed in a polymerase crystal suggests a mechanism for the prevention of frameshift mutations.
著者: Johnson, S.J. / Taylor, J.S. / Beese, L.S.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Visualizing DNA Replication in a Catalytically Active Bacillus DNA Polymerase Crystal
著者: Kiefer, J.R. / Mao, C. / Braman, J.C. / Beese, L.S.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Crystal Structure of a Thermostable Bacillus DNA Polymerase I Large Fragment at 2.1 A Resolution
著者: Kiefer, J.R. / Mao, C. / Hansen, C.J. / Basehore, S.L. / Hogrefe, H.H. / Braman, J.C. / Beese, L.S.
履歴
登録2003年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA PRIMER STRAND
C: DNA TEMPLATE STRAND
A: DNA POLYMERASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3438
ポリマ－75,6883
非ポリマー6555
水9,008500
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.574, 93.389, 105.868
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Exists as a monomer. One molecule per asymmetric unit.

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#1: DNA鎖 DNA PRIMER STRAND


分子量: 4633.034 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA TEMPLATE STRAND


分子量: 4882.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#3: タンパク質 DNA POLYMERASE I / EC 2.7.7.7


分子量: 66172.844 Da / 分子数: 1
Fragment: BACILLUS FRAGMENT (ANALOGOUS TO THE E. COLI KLENOW FRAGMENT)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
プラスミド: PET-30A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P52026, DNA-directed DNA polymerase
#4: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 504分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THE POLYMERASE-DNA COMPLEX ADOPTS AN OPEN CONFORMATION WITH A FRAYED ADENINE-ADENINE MISMATCH BOUND ...THE POLYMERASE-DNA COMPLEX ADOPTS AN OPEN CONFORMATION WITH A FRAYED ADENINE-ADENINE MISMATCH BOUND AT THE POLYMERASE INSERTION SITE (PRIMER STRAND) AND PRE-INSERTION SITE (TEMPLATE STRAND).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.83 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: AMMONIUM SULFATE, MAGNESIUM SULFATE, MPD, MES, pH 5.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1AMMONIUM SULFATE11
2MAGNESIUM SULFATE11
3MPD11
4MES11
5water11
6AMMONIUM SULFATE12
7MAGNESIUM SULFATE12
8MPD12
結晶化
*PLUS
pH: 5.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Johnson, S.J., (2003) Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 100, 3895.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
112 mg/mlprotein1drop
249 %satammonium sulfate1reservoir
32.5 %(v/v)1reservoir
4100 mM1reservoirpH5.8
510 mM1reservoirMgSO4
61
71
81

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月23日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→28.15 Å / Num. all: 50872 / Num. obs: 50872 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rsym value: 0.136 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 4864 / Rsym value: 0.558 / % possible all: 96.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 35 Å / Num. measured all: 491438 / Rmerge(I) obs: 0.136
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.558

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BDP

2bdp


解像度: 2.1→28.15 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2635150.28 / Data cutoff high rms absF: 2635150.28 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: THE BACILLUS POLYMERASE WAS CO- CRYSTALLIZED WITH A DNA CONTAINING A 13 BASE PAIR DUPLEX AND A 3 BASE 5' TEMPLATE OVERHANG. THE CRYSTAL WAS SUBSEQUENTLY PLACED INTO A STABILIZING SOLUTION ...詳細: THE BACILLUS POLYMERASE WAS CO- CRYSTALLIZED WITH A DNA CONTAINING A 13 BASE PAIR DUPLEX AND A 3 BASE 5' TEMPLATE OVERHANG. THE CRYSTAL WAS SUBSEQUENTLY PLACED INTO A STABILIZING SOLUTION CONTAINING DATP. THE RESULTING PRODUCT COMPLEX CONTAINED 15 BASE PAIRS OF DUPLEX DNA AND A SINGLE BASE 5' TEMPLATE OVERHANG. THE OVERHANG BASE IS DISORDERED AND IS NOT INCLUDED IN THE MODEL. SIMILARLY, THE TERMINAL BASE PAIR AT THE 3' TEMPLATE TERMINUS IS DISORDERED AND NOT INCLUDED IN THE MODEL. ELECTRON DENSITY WAS OBSERVED FOR ALL PROTEIN SIDE CHAINS EXCEPT LYSINE 298, WHICH WAS MODELLED TO THE BETA CARBON. THE MAGNESIUM AT POSITION 900 WAS ASSIGNED DUE TO THE LOW REFINED B-FACTOR AND COMPARISON WITH A RELATED KLENTAQ POLYMERASE STRUCTURE (3KTQ). HOWEVER, THE RESOLUTION OF THE STRUCTURE PREVENTS A DEFINITIVE ASSIGNMENT BETWEEN WATER AND MAGNESIUM.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 2318 5.1 %RANDOM
Rwork0.191 ---
all0.216 48539 --
obs0.213 45722 89.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.8618 Å2 / ksol: 0.379812 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.4 Å20 Å20 Å2
2---4.49 Å20 Å2
3----5.91 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4650 569 39 500 5758
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.971.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.532
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.682
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.532.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 175 5.2 %
Rwork0.237 3180 -
obs--66.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA-MULTI-ENDO.PARAMDNA-RNA-MULTI-ENDO.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5SUCROSE.PARSUCROSE.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 35 Å / Rfactor Rfree: 0.228 / Rfactor Rwork: 0.2 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.93
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.273 / Rfactor Rwork: 0.273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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