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万見
- PDB-1njm: The crystal structure of the 50S Large ribosomal subunit from Dei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1njm
タイトルThe crystal structure of the 50S Large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans complexed with a tRNA acceptor stem mimic (ASM) and the antibiotic sparsomycin
要素
  • 23S ribosomal RNA
  • 50S ribosomal protein L16
  • GENERAL STRESS PROTEIN CTC
  • tRNA acceptor stem mimic
キーワードRIBOSOME / Ribosomes / tRNA / puromycin / sparsomycin / peptidyl-transferase / peptide bond formation
機能・相同性
機能・相同性情報


5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal ...Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L16 / : / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e
類似検索 - ドメイン・相同性
SPARSOMYCIN / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL16
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER MAPS / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Bashan, A. / Agmon, I. / Zarivatch, R. / Schluenzen, F. / Harms, J.M. / Berisio, R. / Bartels, H. / Hansen, H.A. / Yonath, A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003
タイトル: Structural basis of the ribosomal machinery for Peptide bond formation, translocation, and nascent chain progression
著者: Bashan, A. / Agmon, I. / Zarivatch, R. / Schluenzen, F. / Harms, J.M. / Berisio, R. / Bartels, H. / Franceschi, F. / Auerbach, T. / Hansen, H.A. / Kossoy, E. / Kessler, M. / Yonath, A.
履歴
登録2003年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 23S ribosomal RNA
5: tRNA acceptor stem mimic
K: 50S ribosomal protein L16
T: GENERAL STRESS PROTEIN CTC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)986,7005
ポリマ－986,3384
非ポリマー3611
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)169.6, 409.4, 695.1
Angle α, β, γ (deg.)90., 90., 90.
Int Tables number23
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MI222

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要素

#1: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 933405.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: GenBank: 6460405
#2: RNA鎖 tRNA acceptor stem mimic


分子量: 11391.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The terminal C of ASM was coupled via a phosphodiester bond to the 5 OH of the N6-dimethyl moiety of puromycin
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L16 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 16125.997 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ5
#4: タンパク質 GENERAL STRESS PROTEIN CTC / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 25415.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RX88
#5: 化合物 ChemComp-SPS / SPARSOMYCIN


分子量: 361.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H19N3O5S2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化詳細: ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, SPARSOMYCIN; SOAKING CRYSTALS IN: 0.025mM ASM
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ETHANOL11
2DIMETHYLHEXANEDIOL11
3MGCL211
4KCL11
5NH4CL11
6SPARSOMYCIN11
7HEPES11
8ETHANOL12
9DIMETHYLHEXANEDIOL12
10MGCL212
11KCL12
12NH4CL12
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Harms, J.M., (2001) Cell (Cambridge,Mass.), 107, 679.
pH: 7.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mM1reservoirMgCl2
260 mM1reservoirNH4Cl
35 mM1reservoirKCl
410 mMHEPES1reservoirpH7.8
51
61
71
81
91
101
111
121

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0332
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 290998 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.169 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 3.6→3.66 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.356 / % possible all: 93.8
反射
*PLUS
% possible obs: 95.2 % / Rmerge(I) obs: 0.169
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.8 % / Rmerge(I) obs: 0.356

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4モデル構築
CNS精密化
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER MAPS
開始モデル: PDB ENTRY 1NKW

1nkw


解像度: 3.6→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.308 12535 5 %random
Rwork0.284 ---
all0.2841 250710 --
obs0.2841 250710 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数347 59902 22 0 60271
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.98
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.98
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.326
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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