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- PDB-1nj3: Structure and Ubiquitin Interactions of the Conserved NZF Domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nj3
タイトルStructure and Ubiquitin Interactions of the Conserved NZF Domain of Npl4
要素NPL4
キーワードPROTEIN BINDING / NZF domain / Npl4 / rubredoxin knuckle / beta-ribbon / zinc-finger / ubiquitin
機能・相同性
機能・相同性情報


Translesion Synthesis by POLH / UFD1-NPL4 complex / Neddylation / negative regulation of RIG-I signaling pathway / KEAP1-NFE2L2 pathway / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / retrograde protein transport, ER to cytosol / negative regulation of type I interferon production / Golgi organization / ERAD pathway ...Translesion Synthesis by POLH / UFD1-NPL4 complex / Neddylation / negative regulation of RIG-I signaling pathway / KEAP1-NFE2L2 pathway / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / retrograde protein transport, ER to cytosol / negative regulation of type I interferon production / Golgi organization / ERAD pathway / ubiquitin binding / ATPase binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear pore localisation protein Npl4, ubiquitin-like domain / Nuclear pore localisation protein NPL4 / NPL4, zinc-binding putative / NPL4 family, putative zinc binding region / Nuclear pore localisation protein NPL4, C-terminal / Nuclear protein localization protein 4 / NPL4 family / Zinc finger domain / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily ...Nuclear pore localisation protein Npl4, ubiquitin-like domain / Nuclear pore localisation protein NPL4 / NPL4, zinc-binding putative / NPL4 family, putative zinc binding region / Nuclear pore localisation protein NPL4, C-terminal / Nuclear protein localization protein 4 / NPL4 family / Zinc finger domain / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / MPN domain / MPN domain profile. / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear protein localization protein 4 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / Torsion Angle Dynamics, Simulated annealing
データ登録者Wang, B. / Alam, S.L. / Meyer, H.H. / Payne, M. / Stemmler, T.L. / Davis, D.R. / Sundquist, W.I.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structure and ubiquitin interactions of the conserved zinc finger domain of Npl4.
著者: Wang, B. / Alam, S.L. / Meyer, H.H. / Payne, M. / Stemmler, T.L. / Davis, D.R. / Sundquist, W.I.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2000
タイトル: A complex of mammalian ufd1 and nlp4 links the AAA-ATPase, p97, to ubiquitin and nuclear transport
著者: Meyer, H.H. / Shorter, J.G. / Pappin, D. / Warren, G.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 2002
タイトル: Direct binding of ubiquitin conjugates by the mammalian p97 adapter complexes, p47 and ufd1-Npl4
著者: Meyer, H.H. / Wang, Y. / Warren, G.
履歴
登録2002年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NPL4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4422
ポリマ－3,3771
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド NPL4


分子量: 3376.865 Da / 分子数: 1 / 断片: NZF domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Npl4 / プラスミド: PGEX-4T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ES54
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HN(CA)CB
121HN(CA)CO
131H(CCO)NH-TOCSY
141(H)C(CO)NH-TOCSY
1513D 13C-separated NOESY
1613D 15N-separated NOESY

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試料調製

詳細内容: 1mM Npl4 NZF domain, U-15N,13C; 20 mM sodium Phosphate, pH 5.5, 50mM NaCl, 5 mM BME,90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 70 mM / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 291 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1BRUNGER, ADAMS, CLORE, DELANO, GROS, GROSSE-KUNSTLEVE, JIANG, KUSZEWSKI, NILGES, PANNU, READ, RICE, SIMONSON, WARREN精密化
DYANA1.5Guntert, P., Mumenthaler, C., Wuthrich, K.精密化
Felix97解析
Sparky3.106データ解析
精密化手法: Torsion Angle Dynamics, Simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Inital structures from Torsion Angle Dynamics (DYANA) were regularized with a gentle annelaing protocol in CNS
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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