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- PDB-1nfp: STRUCTURAL REFINEMENT OF THE NON-FLUORESCENT FLAVOPROTEIN FROM PH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nfp
タイトルSTRUCTURAL REFINEMENT OF THE NON-FLUORESCENT FLAVOPROTEIN FROM PHOTOBACTERIUM LEIOGNATHI AT 1.60 ANGSTROMS RESOLUTION
要素LUXF GENE PRODUCT
キーワードFLAVOPROTEIN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / MYRISTATE
機能・相同性
機能・相同性情報


alkanal monooxygenase (FMN-linked) activity
類似検索 - 分子機能
Bacterial luciferase, conserved site / Bacterial luciferase subunits signature. / Bacterial luciferase/NFP / Luciferase-like domain / Luciferase-like domain / Luciferase-like monooxygenase / Luciferase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / MYRISTIC ACID / Non-fluorescent flavoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Photobacterium leiognathi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Moore, S.A. / Njames, M.N.G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Structural refinement of the non-fluorescent flavoprotein from Photobacterium leiognathi at 1.60 A resolution.
著者: Moore, S.A. / James, M.N.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994
タイトル: Common Structural Features of the Luxf Protein and the Subunits of Bacterial Luciferase: Evidence for a (Beta(Slash)Alpha)8 Fold in Luciferase
著者: Moore, S.A. / James, M.N.G.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure of a Flavoprotein Related to the Subunits of Bacterial Luciferase
著者: Moore, S.A. / James, M.N.G. / O'Kane, D.J. / Lee, J.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Crystallization of Photobacterium Leiognathi Nfp, Non-Fluorescent Flavoprotein an Unusual Flavoprotein with Limited Sequence Identity to Bacterial Luciferase
著者: Moore, S.A. / James, M.N.G. / O'Kane, D.J. / Lee, J.
履歴
登録1995年2月27日処理サイト: BNL
改定 1.01995年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LUXF GENE PRODUCT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7786
ポリマ－26,3131
非ポリマー1,4655
水3,459192
1
A: LUXF GENE PRODUCT
ヘテロ分子

A: LUXF GENE PRODUCT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,55612
ポリマ－52,6252
非ポリマー2,93110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area9780 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area19110 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)56.930, 92.230, 99.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-423-

SO4

21A-307-

HOH

詳細SYMMETRY THE CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS PRESENTED BELOW GENERATE THE SUBUNITS OF THE POLYMERIC MOLECULE. APPLIED TO RESIDUES: 1 1 .. 423 TWO-FOLD AXIS AT 0,Y,1/4: THE MOLECULE IS A SYMMETRICAL HOMODIMER. SYMMETRY1 1 -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 1 0.000000 0.000000 -1.000000 49.66500

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要素

#1: タンパク質 LUXF GENE PRODUCT


分子量: 26312.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photobacterium leiognathi (バクテリア)
参照: UniProt: P09142
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE STRUCTURAL FORMULA HYDROGEN ATOMS EQUIVALENTS PERTAIN TO THE OXIDIZED STATE OF FMN. THE ...THE STRUCTURAL FORMULA HYDROGEN ATOMS EQUIVALENTS PERTAIN TO THE OXIDIZED STATE OF FMN. THE CARBOXYLATE OF THE FATTY ACID IS IONIZED; IN ADDITION THE RIBOSE PHOSPHATE IS LIKELY SINGLY PROTONATED. THE PH OF THE CRYSTALS IS 5.5. THIS GIVES 43 HYDROGEN ATOMS FOR THE STRUCTURE, 8 ON THE ISOALLOXAZINE, 11 ON THE RIBOSE PHOSPHATE, AND 24 ON THE MYRISTATE. THE C3 OF THE FATTY ACID IS COVALENTLY LINKED TO C6 OF THE ISOALLOXAZINE NUCLEUS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 % / 解説: DATA COLLECTED FROM TWO CRYSTALS
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 51 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15-10 mg/mlprotein1drop
230-34 %satammonium sulfate1drop
350 mMsodium citrate1drop
43 %(w/v)isopropanol1drop

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1992年11月1日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 28223 / % possible obs: 81 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.059
反射
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. measured all: 84138 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Biso Wilson estimate: 16.07 Å2
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 1.67 Å / % possible obs: 65.6 % / Num. unique obs: 2590 / Num. measured obs: 3954

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解析

ソフトウェア
名称分類
PROLSQ精密化
WEISデータ削減
精密化解像度: 1.6→10 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数%反射
obs0.175 27451 78.7 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1848 0 99 192 2139
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0150.018
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0360.032
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0380.036
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.052
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.13
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.532.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.563.7
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0140.018
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1940.18
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2530.36
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1720.36
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2060.36
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor450
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor18.1100
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor24.3100
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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