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- PDB-1nfb: Ternary complex of the human type II Inosine Monophosphate Dedhyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nfb
タイトルTernary complex of the human type II Inosine Monophosphate Dedhydrogenase with 6Cl-IMP and NAD
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / 8 STRANDED PARALLE ALPHA/BETA BARREL / DEHYDROGENASE / IMPD / IMPDH / GUANINE NUCLEOTIDE BIOSYNTHESIS NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


'de novo' XMP biosynthetic process / Purine ribonucleoside monophosphate biosynthesis / lymphocyte proliferation / IMP dehydrogenase / IMP dehydrogenase activity / GMP biosynthetic process / Azathioprine ADME / peroxisomal membrane / GTP biosynthetic process / cellular response to interleukin-4 ...'de novo' XMP biosynthetic process / Purine ribonucleoside monophosphate biosynthesis / lymphocyte proliferation / IMP dehydrogenase / IMP dehydrogenase activity / GMP biosynthetic process / Azathioprine ADME / peroxisomal membrane / GTP biosynthetic process / cellular response to interleukin-4 / circadian rhythm / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Potential therapeutics for SARS / nucleotide binding / Neutrophil degranulation / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. ...IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-CHLOROPURINE RIBOSIDE, 5'-MONOPHOSPHATE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Risal, D. / Strickler, M.D. / Goldstein, B.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Conformation of NAD Bound to Human Inosine Monophosphate Dehydrogenase Type II
著者: Risal, D. / Strickler, M.D. / Goldstein, B.M.
履歴
登録2002年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_entry_details / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 2
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,8126
ポリマ－111,7502
非ポリマー2,0624
水1,56787
1
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 2
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 2
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 2
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,62412
ポリマ－223,4994
非ポリマー4,1248
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area18810 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area66410 Å2
手法PISA, PQS
2
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 2
ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 2
ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 2
ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,62412
ポリマ－223,4994
非ポリマー4,1248
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area18830 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area66130 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)145.190, 145.190, 127.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 2 / IMP dehydrogenase 2 / IMPDH-II / IMPD 2


分子量: 55874.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IMPDH2 / プラスミド: pET12B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12268, IMP dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-CPR / 6-CHLOROPURINE RIBOSIDE, 5'-MONOPHOSPHATE


分子量: 367.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13ClN4O7P
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 8% PEG 6000, 0.1M Tris-HCl, 24mM beta-mercaptoethanol, 1M LiCl, 20% Glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→51.33 Å / Num. all: 29280 / Num. obs: 24775 / % possible obs: 85.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 39.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 17.37
反射 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.343 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1757 / Rsym value: 0.343 / % possible all: 81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Chain A of PDB ENTRY 1B3O

1b3o


解像度: 2.9→47.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 1964 10.1 %RANDOM
Rwork0.229 ---
all0.291 29280 --
obs0.229 19483 66.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.7494 Å2 / ksol: 0.344832 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 59.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.78 Å20 Å20 Å2
2---4.78 Å20 Å2
3---9.57 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.4 Å
Luzzati d res low-51.3 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5666 0 132 87 5885
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.621.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it9.712
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it12.72.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 187 10.7 %
Rwork0.334 1567 -
obs-1567 36.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_6CL_AUTO_REP_MET_PRODRG.PARAMPROTEIN_6CL_AUTO_PRODRG.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMNAD_ADH_TRP_PRODRG.TOP
X-RAY DIFFRACTION3NAD.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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