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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nes
タイトルSTRUCTURE OF THE PRODUCT COMPLEX OF ACETYL-ALA-PRO-ALA WITH PORCINE PANCREATIC ELASTASE AT 1.65 ANGSTROMS RESOLUTION
要素
  • ACETYL-ALA-PRO-ALA
  • ELASTASE
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SERINE PROTEASE/INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chymotrypsin-like elastase family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Meyer Junior, E.F. / Radhakrishnan, R. / M Cole, G. / Presta, L.G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986
タイトル: Structure of the product complex of acetyl-Ala-Pro-Ala with porcine pancreatic elastase at 1.65 A resolution.
著者: Meyer Jr., E.F. / Radhakrishnan, R. / Cole, G.M. / Presta, L.G.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Misbehaving Macromolecules: Backwards Binding Ligands and Other Surprising Structures
著者: Meyer, E.F. / Botos, I. / Scapozza, L. / Zhang, D.
#2: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1992
タイトル: Effect of the 7-Amino Substituent on the Inhibitory Potency of Mechanism-Based Isocoumarin Inhibitors for Porcine Pancreatic and Human Neutrophil Elastases: A 1.85-Angstroms X-Ray ...タイトル: Effect of the 7-Amino Substituent on the Inhibitory Potency of Mechanism-Based Isocoumarin Inhibitors for Porcine Pancreatic and Human Neutrophil Elastases: A 1.85-Angstroms X-Ray Structure of the Complex between Porcine Pancreatic Elastase and 7-[(N-Tosylphenylalanyl)Amino]-4-Chloro-3-Methoxyisocoumarin
著者: Hernandez, M.A. / Powers, J.C. / Glinski, J. / Oleksyszyn, J. / Vijayalakshmi, J. / Meyer Junior, E.F.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Complexed with 7-Amino-3-(2-Bromoethoxy)-4-Chloroisocoumarin as a Nonreactivatable Doubly Covalent Enzyme-Inhibitor Complex
著者: Vijayalakshmi, J. / Meyer Junior, E.F. / Kam, C.-M. / Powers, J.C.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Reaction of Porcine Pancreatic Elastase with 7-Substituted 3-Alkoxy-4-Chloroisocoumarins: Design of Potent Inhibitors Using the Crystal Structure of the Complex Formed with 4-Chloro-3- ...タイトル: Reaction of Porcine Pancreatic Elastase with 7-Substituted 3-Alkoxy-4-Chloroisocoumarins: Design of Potent Inhibitors Using the Crystal Structure of the Complex Formed with 4-Chloro-3-Ethoxy-7-Guanidino-Isocoumarin
著者: Powers, J.C. / Oleksyszyn, J. / Narasimhan, S.L. / Kam, C.-M. / Radhakrishnan, R. / Meyer Junior, E.F.
#5: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1990
タイトル: The 2.2-Angstrom Resolution X-Ray Crystal Structure of the Complex of Trypsin Inhibited by 4-Chloro-3-Ethoxy-7-Guanidinoisocoumarin: A Proposed Model of the Thrombin-Inhibitor Complex
著者: Chow, M.M. / Meyer Junior, E.F. / Bode, W. / Kam, C.-M. / Radhakrishnan, R. / Vijayalakshmi, J. / Powers, J.C.
#6: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: Human Leukocyte and Porcine Pancreatic Elastase: X-Ray Crystal Structures, Mechanism, Substrate Specificity, and Mechanism-Based Inhibitors
著者: Bode, W. / Meyer Junior, E.F. / Powers, J.C.
#7: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1988
タイトル: Structure of Native Porcine Pancreatic Elastase at 1.65 Angstroms Resolution
著者: Meyer, E. / Cole, G. / Radhakrishnan, R. / Epp, O.
#8: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Crystal Structures of the Complex of Porcine Pancreatic Elastase with Two Valine-Derived Benzoxazinone Inhibitors
著者: Radhakrishnan, R. / Presta, L.G. / Meyer Junior, E.F. / Wildonger, R.
#9: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Crystal Structures of the Complex of Porcine Pancreatic Elastase with Two Valine-Derived Benzoxazinone Inhibitors
著者: Radhakrishnan, R. / Presta, L.G. / Meyer Junior, E.F. / Wildonger, R.
#10: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1985
タイトル: Stereospecific Reaction of 3-Methoxy-4-Chloro-7-Amino-Isocoumarin with Crystalline Porcine Pancreatic Elastase
著者: Meyer Junior, E.F. / Presta, L.G. / Radhakrishnan, R.
履歴
登録1995年7月31日処理サイト: BNL
改定 1.01996年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: ELASTASE
I: ACETYL-ALA-PRO-ALA
J: ACETYL-ALA-PRO-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6315
ポリマ－26,4953
非ポリマー1362
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area10340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.400, 58.200, 75.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ELASTASE


分子量: 25928.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase
#2: タンパク質・ペプチド ACETYL-ALA-PRO-ALA


分子量: 283.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.19 %
結晶化
*PLUS
pH: 5 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 %(w/v)PPEase11
20.1 Msodium acetate11
30.02 %(w/v)sodium azide11
40.1 Msodium sulphate12

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Observed criterion σ(F): 2
反射
*PLUS
最高解像度: 1.65 Å / Num. obs: 20665 / % possible obs: 72 %

-
解析

ソフトウェア名称: EREF / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.65→7 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.184 --
obs-20310 72 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1854 0 6 138 1998
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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