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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nem | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Saccharide-RNA recognition in the neomycin B / RNA aptamer complex | |||||||||||||||||||||
要素 | 5'-R(*キーワード | RNA / RNA APTAMER / AMINOGLYCOSIDE / ANTIBIOTIC | 機能・相同性 | 2,6-diamino-2,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranose / 2-DEOXY-D-STREPTAMINE / RNA / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / DISTANCE RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS | データ登録者 | Jiang, L. / Majumdar, A. / Hu, W. / Jaishree, T.J. / Xu, W. / Patel, D.J. | 引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999 | タイトル: Saccharide-RNA recognition in a complex formed between neomycin B and an RNA aptamer 著者: Jiang, L. / Majumdar, A. / Hu, W. / Jaishree, T.J. / Xu, W. / Patel, D.J. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nem.cif.gz | 165.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nem.ent.gz | 134.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nem.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1nem_validation.pdf.gz | 451.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1nem_full_validation.pdf.gz | 533.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1nem_validation.xml.gz | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1nem_validation.cif.gz | 13.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/1nem ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/1nem | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 7459.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Complexed with neomycin B; hetero groups BDG (ring A), NEB (ring B), RIB (ring C), and NED (ring D) |
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#2: 多糖 | 2,6-diamino-2,6-dideoxy-beta-L-idopyranose-(1-3)-beta-D-ribofuranose |
#3: 糖 | ChemComp-BDG / |
#4: 化合物 | ChemComp-NEB / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験の詳細 | Text: EXPERIMENTS CONDUCTED IN D2O: 2D NOESY (50MS,120MS,200MS,300MS) PHASE-SENSITIVE COSY, TOCSY, (1H)- (13)C HSQC 3D (1H)-(13)C NOESY-HMQC (120MS, 300MS) 3D HCCH- COSY 3D HCCH-TOCSY 2D (1H)-(13)C ...Text: EXPERIMENTS CONDUCTED IN D2O: 2D NOESY (50MS,120MS,200MS,300MS) PHASE-SENSITIVE COSY, TOCSY, (1H)- (13)C HSQC 3D (1H)-(13)C NOESY-HMQC (120MS, 300MS) 3D HCCH- COSY 3D HCCH-TOCSY 2D (1H)-(13)C HCCH-TOCSY (65MS) 2D (1H)-(31)P CORRELATION 3D (1H)-(13)C-(31)P CORRELATION |
-試料調製
試料状態 | イオン強度: 10mM NA3PO4 / pH: 6.1 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-解析
NMR software | 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化 |
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精密化 | 手法: DISTANCE RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1 |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 9 |