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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ndl | ||||||
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タイトル | THE AWD NUCLEOTIDE DIPHOSPHATE KINASE FROM DROSOPHILA | ||||||
要素 | NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE | ||||||
キーワード | PHOSPHOTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of tube architecture, open tracheal system / Azathioprine ADME / Ribavirin ADME / establishment or maintenance of polarity of follicular epithelium / open tracheal system development / epithelial cell migration, open tracheal system / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / nuclear microtubule / Neutrophil degranulation / nucleoside-diphosphate kinase ...regulation of tube architecture, open tracheal system / Azathioprine ADME / Ribavirin ADME / establishment or maintenance of polarity of follicular epithelium / open tracheal system development / epithelial cell migration, open tracheal system / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / nuclear microtubule / Neutrophil degranulation / nucleoside-diphosphate kinase / nucleotide metabolic process / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / adherens junction organization / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / microtubule-based process / kinase activity / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / phosphorylation / GTP binding / magnesium ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Janin, J. / Chiadmi, M. / Dumas, C. / Lascu, I. / Lebras, G. / Morera, S. / Veron, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1993 タイトル: Crystal structure of the Awd nucleotide diphosphate kinase from Drosophila. 著者: Chiadmi, M. / Morera, S. / Lascu, I. / Dumas, C. / Le Bras, G. / Veron, M. / Janin, J. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Adenosine 5'-Diphosphate Binding and the Active Site of Nucleoside Diphosphate Kinase 著者: Morera, S. / Lascu, I. / Dumas, C. / Lebras, G. / Briozzo, P. / Veron, M. / Janin, J. #2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1992 タイトル: X-Ray Structure of Nucleoside Diphosphate Kinase 著者: Dumas, C. / Lascu, I. / Morera, S. / Glaser, P. / Fourme, R. / Wallet, V. / Lacombe, M.L. / Veron, M. / Janin, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ndl.cif.gz | 105.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ndl.ent.gz | 82.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ndl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ndl_validation.pdf.gz | 376.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ndl_full_validation.pdf.gz | 386.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ndl_validation.xml.gz | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ndl_validation.cif.gz | 18.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/1ndl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/1ndl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: ELECTRON DENSITY IS ABSENT FOR MET 1 AND POOR FOR ALA 2 IN ALL THREE CHAINS. | ||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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詳細 | THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 3* RECORDS BELOW WILL GENERATE THE HEXAMER FROM THE TRIMER PRESENTED IN THE ENTRY. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17190.852 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: P08879, nucleoside-diphosphate kinase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.65 % |
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.4→10 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
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拘束条件 |
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