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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ndj | ||||||
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タイトル | Streptavidin Mutant Y43F with Biotin at 1.81A Resolution | ||||||
![]() | Streptavidin | ||||||
![]() | BIOTIN-BINDING PROTEIN / tetramer | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Le Trong, I. / Freitag, S. / Klumb, L.A. / Chu, V. / Stayton, P.S. / Stenkamp, R.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural studies of hydrogen bonds in the high-affinity streptavidin-biotin complex: mutations of amino acids interacting with the ureido oxygen of biotin. 著者: Le Trong, I. / Freitag, S. / Klumb, L.A. / Chu, V. / Stayton, P.S. / Stenkamp, R.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 104.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 80 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13265.336 Da / 分子数: 4 / 断片: core streptavidin, residues 13-139 / 変異: Y43F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: core streptavidin / プラスミド: pET21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-BTN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.83 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.81→99 Å / Num. all: 35211 / Num. obs: 35211 / % possible obs: 79.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.066 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / % possible obs: 80 % / Rmerge(I) obs: 0.07 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 30 % / Rmerge(I) obs: 0.32 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ISOMORPHOUS 開始モデル: 1SWE 解像度: 1.81→10 Å / Num. parameters: 15159 / Num. restraintsaints: 15067 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 3328 / Occupancy sum non hydrogen: 3789 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.81→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.227 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |